Mikrobioloë en genetici in Texas het onafhanklik bewyse gevind van die herliortment in coronaviruses wat dui op die betrokkenheid van PANGOLINS in die oorsprong van SARS-in-2. [55] maar ietermagog coronaviruses het tot op datum slegs in die meeste 92% van hul hele genomes met die SAID-in-2, wat hulle minder soortgelyke as RaTG13 aan SARS-in-2, gemaak het. [56] dit is onvoldoende om te bewys dat pangolins die intermediêre gasheer is; in VERGELYKING, die SARS virus verantwoordelik vir die 2002-2004 uitbreek gedeel 99,8% van sy genoom met 'n bekende civet Corona.
PERDESKOEN VLERMUISE is onder die mees waarskynlike natuurlike reservoirs van SARS-in-2
Phylogenetika en taksonomie
SARS-in-2 behoort aan die breë familie van virusse bekend as coronaviruses. Dit is 'n positiewe-sin enkel-gestrand RNA (+ssrna) virus. Ander coronaviruses in staat is om veroorsaak siektes wat wissel van die gewone verkoue tot meer ernstige siektes soos Midde-Ooste respiratoriese sindroom (MERS). Dit is die sewende bekende Corona om mense te besmet, na 229e, NL63, OC43, HKU1, MERS-in, en die oorspronklike SARS-in. [57]
Soos die SARS-verwante Corona spanning wat betrokke is in die 2003 SARS-uitbreking, is SARS-in-2 'n lid van die subgenus sarbecovirus (beta-in geslagb). [58] [59] sy RNA - reeks is ongeveer 30 000 basisse in lengte. SARS-in-2 is uniek onder bekende betakels , in sy inlywing van 'n polybasiese Cleavage-webwerf, 'n eienskap wat bekend patogenisiteit en oordraagbaarheid in ander virusse verhoog word. [60] [61]
Met 'n voldoende aantal opeenvolg genomes, is dit moontlik om 'n phylogenetiese boom van die mutasie geskiedenis van 'n familie van virusse te herkonstrueer. Teen 12 Januarie 2020 is vyf genomes van SARS-in-2 van Wuhan geïsoleer en deur die Chinese Sentrum vir siektebeheer en voorkoming (ccdc) en ander instellings gerapporteer; [62] die getal genomes het teen 30 januarie 2020 tot 42 gestyg. [63] 'n phylogenetiese analise van daardie monsters het gewys dat hulle "hoogs verwant is aan die meeste sewe mutasies relatief tot 'n algemene voorouer", wat impliseer dat die eerste menslike infeksie in November of Desember 2019 plaasgevind het. [63] vanaf 27 maart 2020, 1 495 SARS-in-2 genomes is op ses kontinente beskikbaar gestel. [64]
Op 11 Februarie 2020 het die internasionale komitee oor taksonomie van virusse (ictv) aangekondig dat volgens bestaande reëls wat hiërargiese verhoudings onder coronaviruses bereken op grond van vyf behoue rye nukleolus sure, die verskille tussen wat dan 2019-nCoV genoem word en die virus- stam van die 2003 SARS-uitbreking was onvoldoende om hulle te laat skei virale spesies. Daarom, hulle geïdentifiseer 2019-nCoV as 'n stam van ernstige akute respiratoriese sindroom-verwante Corona. [2]
|
|
|
| NCBI GENOOM ID | MN908947 |
| Genoom grootte | 29 903 basisse |
| Jaar van voltooiing | 2020 |
STRUKTURELE BIOLOGIE
Elke SARS-in-2 virion is ongeveer 50 – 200 nanometres in deursnee. Soos ander CORONAVIRUSES, SARS-in-2 het vier strukturele proteïene, bekend as die S (piek), E (koevert), M (membraan), en N (nukleocapsid) proteïene; die N proteïen hou die RNA genoom, en die s, E, en M proteïene saam skep die virale koevert. [65] die piek-proteïen, wat op die atoomvlak is met die gebruik van die lakogeniese elektronmikroskopie,[66] [67 ] is die proteïen wat verantwoordelik is vir die toelaat van die virus om aan te heg en te maak met die membraan van 'n gasheersel.
––––––––
STRUKTUUR VAN 'N SARSR-in virion
––––––––
SARS-IN-2 PIEK HOMOGENITRIMER met een proteïensubeenheid uitgelig; die ACE2 bindende domein is in magenta
Proteïenmodellering eksperimente op die piek proteïen van die virus het gou voorgestel dat SARS-in-2 voldoende affiniteit vir die reseptor angiotensien omskakeling ensiem 2 (ACE2) op menslike selle om dit te gebruik as 'n meganisme van sel inskrywing. [68] teen 22 Januarie 2020, 'n groep in China wat met die volle virus-genoom en 'n groep in die Verenigde State werk deur reverse genetika metodes onafhanklik te gebruik en eksperimenteel het GETOON dat ACE2 as die reseptor vir SARS-in-2 kan optree. [69] [70] [71] studies het getoon dat SARS-in-2 'n hoër AFFINITEIT vir menslike ACE2 het as die oorspronklike SARS virus-stam. [66] [72] SARS-in-2 kan ook basigin gebruik om te help met selinskrywing. [73]
Digitaal Kleurlinge se ELEKTRONMIKROGRAFIEKE van SARS-in-2-virions (geel) wat uit menslike selle cultured in 'n laboratorium gekweek word
AANVANKLIKE PIEK PROTEÏEN priming deur transmembraan protease, serine 2 (TMPRSS2) is noodsaaklik vir die inskrywing van SARS-in-2. Nadat 'n SARS-in-2 virion aan 'n teikensel heg, is die sel se protease TMPRSS2 besnoeiinge oop die piek proteïen van die virus, wat 'n fusion Peptiedblootlê. Die virion stel dan RNA in die sel op, dwing die sel om kopieë van die virus te produseer wat versprei word om meer selle te besmet. [74][beter bron nodig] SARS-in-2 produseer ten minste drie virulensie faktore wat die vergieting van nuwe virions uit gasheerselle bevorder en immuunresponsinhibeer. [65]
Epidemiologie