В то же время ученый понимал, что ни одна из существующих на тот момент эволюционных теорий не дает вразумительного ответа на вопросы: как и почему это происходило? Ни тренировка органов, ни внутреннее стремление организмов к совершенствованию не могли привести к появлению столь совершенных и сложных приспособлений, которые сплошь и рядом встречаются в живой природе: «Ни действие окружающих условий, ни воля организмов не в состоянии объяснить, например, приспособленности дятла или древесной лягушки к лазанию по деревьям».
Большую роль в становлении взглядов Дарвина сыграла книга Мальтуса «О народонаселении», где выведен закон народонаселения, согласно которому темпы его роста значительно превышают темпы увеличения производства средств существования. Человечеству грозит голодная смерть, и, соответственно, между людьми будет происходить борьба за распределение ресурсов. Дарвин, который прочел книгу Мальтуса еще в 1838 году, смог провести параллель между пессимистическими прогнозами автора и процессами, происходящими в живой природе. Оказалось, что способность биологических видов к размножению значительно превышает количество особей, которые могут выжить. Следующим логическим шагом стала идея естественного отбора: Дарвин понял, что в результате борьбы за существование выживают особи, обладающие выгодными в данных условиях признаками. Результатом накопления таких признаков и становится появление новых видов.
Первый набросок своей теории Дарвин составил в 1842 году. Записи были выполнены карандашом и составляли 35 страниц. К 1844 году резюме теории расширилось до 230 страниц. Дарвин высоко ценил свою работу и понимал ее значение. Опасаясь, что его жизнь может неожиданно прерваться из-за болезни, он в том же году написал для своей жены нечто типа завещания, в котором просил в случае его внезапной смерти передать записи по теории видов какому-нибудь ученому, который смог бы привести их в порядок и издать. Человеку, который взял бы на себя этот труд, Дарвин завещал 400–500 фунтов и все доходы от предполагаемого издания.
Поскольку в 1846 году Дарвин занялся изучением усоногих раков, теория видов временно отошла у него на второй план. Но в 1854-м, когда второй том «Монографии подкласса усоногих» увидел свет, ученый вернулся к главному делу жизни и начал работу над своей знаменитой книгой «Происхождение видов».
К 1858 году Дарвин написал примерно половину задуманного сочинения. Но тут грянул гром: произошло событие, которого Дарвин никак не ожидал. Молодой и, безусловно, талантливый ученый Альфред Уоллес, изучавший в то время природу Малайского архипелага и Юго-Восточной Азии, прислал на рассмотрение Дарвина свою небольшую работу «О тенденции разновидностей к неограниченному отклонению от первоначального типа». Очерк Уоллеса содержал краткое изложение эволюционных идей, обстоятельным и обширным изложением которых занимался Дарвин. Уоллес просил старшего коллегу ознакомиться с его работой и в случае одобрения