Весной Дарвин перебрался в Лондон, где два года работал над «Дневником путешествий» – под таким заглавием он издал книгу, позже получившую название «Путешествие натуралиста вокруг света на корабле «Бигль»». Впервые «Дневник» увидел свет в 1839 году. Он был издан не отдельной книгой, а как часть отчета Фиц-Роя о результатах экспедиции.
Время от времени молодой ученый выступал с докладами в Геологическом обществе и вскоре был избран одним из его почетных секретарей. Он немало общался с такими крупными учеными, как Чарлз Лайель, Роберт Броун и Ричард Оуэн[5]. Параллельно с подготовкой «Дневника» Чарлз работал над еще двумя публикациями – трудами «Геологические наблюдения» и «Зоологические результаты путешествия на "Бигле"». В это время он уже всерьез задумывался о происхождении видов и стал собирать факты, имевшие отношение к данной проблеме.
29 января 1839 года Дарвин женился на Эмме Веджвуд – своей кузине. Брак был счастливым и многодетным (всего у Эммы и Чарлза родилось десять детей). В автобиографии, обращаясь к своим детям, Дарвин писал: «Все вы прекрасно знаете свою мать, знаете, какой доброй матерью она всегда была для всех вас. Она – мое величайшее счастье, и я могу сказать, что за всю мою жизнь я ни разу не слыхал от нее ни единого слова, о котором я мог бы сказать, что предпочел бы, чтобы оно вовсе не было произнесено… В отношении своей семьи я был действительно в высшей степени счастлив, и должен сказать вам, мои дети, что никто из вас никогда не доставлял мне никакого беспокойства, если не считать ваших заболеваний. <…> Мы испытали лишь единственное безмерно тяжелое горе, когда в Молверне 24 апреля 1851 года умерла Энни, которой только что исполнилось десять лет».
Фактически рассказом о лондонском периоде жизни Дарвина заканчивается история жизни ученого, и начинается история его болезни и научных трудов: «Главным моим наслаждением и единственным занятием в течение всей жизни была научная работа, и возбуждение, вызываемое ею, позволяет мне на время забывать или совсем устраняет мое постоянное плохое самочувствие. Мне нечего поэтому рассказывать о всех дальнейших годах моей жизни, кроме сведений о публикации нескольких моих книг».
Живя с женой в Лондоне, Дарвин успел написать большую работу о коралловых рифах, в которой изложил свою теорию их образования, продолжал руководить изданиями «Зоологических результатов путешествия на "Бигле"», выступал в Геологическом обществе. Кроме того, ученый продолжал собирать данные, связанные с проблемой