Не дивно, що такі заходи гетьмана Виговського викликали активну протидію козацької черні. Низи, що їх спонукали в потрібному напрямку зацікавлені сторони, вбачали у цих діях спроби повернутися до польського панування. Насамперед, невдоволення демосу використали в боротьбі за владу політичні супротивники гетьмана. Першим із них, безумовно, був полтавський полковник Мартин Пушкар, до якого приєднався тодішній запорозький кошовий Яків Барабаш, спровокувавши повстання проти Виговського у Запорожжі й на Лівобережжі. Зайве нагадувати, що повстання Пушкаря й Барабаша одразу ж використали в своїх цілях московські агенти, намагаючись послабити гетьманську владу та схилити й до ще більших поступок Москві, зокрема – обмежити автономію української Гетьманщини. У Кремлі, який, безумовно, був тією самою зацікавленою стороною, добре розуміли, чим загрожував курс, обраний гетьманом Виговським, тож діяли досить активно, аж до надання безпосередньої військової допомоги бунтівникам.
Повстання Пушкаря було негайно придушене силами прибічників гетьмана Виговського, однак перші паростки майбутнього розколу України з'явилися разом із саме цим бунтом – козацька старшина, яка у часи Хмельницького видавалася монолітним середовищем, підґрунтям гетьманської влади, зазнала поглиблення внутрішніх суперечностей, що врешті спричинилося до скликання Чорної ради та розколу України.
Реакція Москви на придушення гетьманом Виговським повстання Мартина Пушкаря і Якова Барабаша була передбачуваною. Там украй негативно поставились до дій Виговського, що його вже вважали своїм васалом, і почали все частіше втручатись у внутрішні справи Гетьманщини. Без згоди гетьманської канцелярії у Москві було підготовано царські укази про призначення московських воєвод у Білу Церкву, Корсунь, Ніжин, Полтаву, Чернігів та Миргород, а одразу після цих указів вийшла постанова про призначення боярина Василя Шереметева керівником нової московської адміністрації в Гетьманщині. У настанові, врученій йому в Москві, йшлося про забезпечення передачі управлінського апарату в містах України до рук прихильного до самодержавної царської влади міщанства. У Москві, звичайно, спланували, щоби підтримка цивільної влади українських міст на противагу козацькій адміністрації стала ще одним із засобів послаблення суспільно-політичної та культурно-національної єдності в створеній Хмельницьким козацькій державі.
Активні спроби позбавити Гетьманщину суверенітету здійснювано й надалі. У серпні 1658 року, знову-таки ігноруючи статті «Переяславського договору», за сприяння московського війська князь Григорій Ромодановський проголосив наказним гетьманом України уманського старшину Івана Безпалого, відомого своїми виразними промосковськими настроями. З цього фактично й почалося відкрите протистояння між українським козацтвом, яке підтримало гетьмана Виговського, та Москвою.
Зауважмо, що московські війська та