Немецкий учёный Г. Шталь (1660-1734) известен тем, что стал одним из основоположников первой теории в химии – знаменитой теории флогистона, гипотетической «сверхтонкой материи» («огненной субстанции», якобы наполняющей все горючие вещества и высвобождающейся из них при горении). Голландский врач и химик Г. Бургаве (1668-1738) не признавал систему Шталя, хотя и избегал резко возражать против неё; в его «Основах химии», одном из лучших трудов по химии того времени, о теории флогистона вообще не говорится. Немецкий же химик Г. Штабель был в то время одним из очень немногих учёных, публично не согласившихся с теорией флогистона. Он высказал свою точку зрения в опубликованном в 1728 году руководстве «Догматико-экспериментальная химия».
Самостоятельное и явно не случайное знакомство именно с этими новейшими для того времени разносторонними научными взглядами позволили М.В. Ломоносову сформировать свою точку зрения на процессы горения. И позднее он никогда, утверждают историки химии, не считал флогистон веществом, обладающим отрицательным весом (т.е. уменьшающим вес тела, с которым он соединялся), и способностью проходить через все тела, хотя эта теория в научной среде того времени была популярна в течение почти века. Гипотезу флогистона экспериментально опроверг французский химик А.Л. Лавуазье (1743-94), создав в 1780 году кислородную теорию горения. Но как, без соответствующей подготовки, которую не могла дать единственно «химия по Тейхмейеру», разобраться в этом, и зачем Ломоносову, будущему горному офицеру, все эти, как сказал Х. Вольф, «замысловатые теории»?
Но, похоже, уже тогда, сразу по приезде в Марбург в 1736 году, будущий учёный начал заниматься именно «теориями» и опытами, подтверждающими или опровергающими его какие-то, неизвестно откуда взявшиеся, знания по химии. Об этом он позднее писал Михаэлису, прося позволения изучить в его лаборатории некоторые химические процессы, которые казались ему сомнительными. Всё это заставляет думать, что Ломоносов приехал в Германию уже, по крайней мере, имея представление о химии (или алхимии), что выбор лекций именно «по Шталю» был сделан им самим, что в лаборатории университета он не химическими эффектами развлекался, а выполнял какую-то свою научно-экспериментальную работу.
А как шло обучение геологии и минералогии – основным составляющим профессии горного инженера? Очевидно, за лекции этого цикла надо было платить отдельно или они вообще не преподавались в Марбурге, потому что в сентябре 1737 года Вольф просил Академию наук ускорить решение вопроса об изучении студентами естественной истории. В ноябре он получил программу самостоятельных занятий студентами естественной историей и в письме в АН обещал проследить её исполнение.
Однако в середине марта следующего, 1738 года, Ломоносов пишет