В новых условиях роль Ионических островов, также как и Мальты, состояла в том, что они стали с одной стороны промежуточными базами для снабжения египетской армии французов, а с другой стороны позволяли осуществлять эффективный контроль за центральной и восточной частями Средиземного моря. Требовалось срочно остановить дальнейшее продвижение французов. Это соответствовало интересам Англии в союзе с Португалией, Неаполитанскому королевству, Австрии, Турции и России. Так начала формироваться, так называемая, Вторая коалиция.
Сугубо военный фактор в России существенно дополнялся необычным политическим фактором. Сразу же после смерти Екатерины II её сын взял курс на сближение с Мальтийским орденом. Это сближение, очевидно, связано с новыми идеями, которыми Павел I надеялся наполнить борьбу с распространением французской революции. 4 января 1797 года была подписана «Конвенция, заключенная с Державным Орденом Мальтийским и его Преимуществом Грос-Мейстером, – об установлении сего Ордена в России». С учётом важности данного обстоятельства для средиземноморских военных кампаний и лично для Ф. Ф. Ушакова приведём некоторые выдержки из данного документа.
Текст Конвенции начинался словами: «Его Величество Император Всероссийский с одной стороны, соизволяя изъявить знаменитому Ордену Мальтийскому Своё благоволение, внимание и уважение, и тем обеспечить, утвердить и распространить в Областях Своих заведение сего Ордена, существовавшее уже в Польше, а особливо в присоединенных ныне к Российской Державе Областях Польских, и желая также доставить собственным Своим подданным, кои могут быть приняты в Знаменитый Мальтийский орден, все выгоды, почести и преимущества от того проистекающие; а с другой стороны Державный Мальтийский Орден и Его Преимущество Грос-Мейстер <…> с общего согласия условились постановить Конвенцию <…>».
Статья I гласила: «Его Величество Император Всероссийский, последуя Своему правосудию и во изъявление приязни и Высочайшего Своего благоволения к знаменитому Мальтийскому Ордену, признает за благо, подтверждает и ратификует за себя и Преемников Своих на вечныя времена, во всем пространстве и торжественнейшим образом заведение помянутаго Ордена в своих владениях <…>».
Статья II: «Его Величество Император <…> жалует в собственность оному Ордену ежегодно по 300 тыс. польских злотых <…>».
Статья V: «Великому Приорству в России состоять из сана Великаго Приорства и из десяти Командорств».
Специальными статьями (XXXII–XXXIV) был установлен особый мундир для великого приорства Российского и правила ношения его и знак ордена: «Великий Приор и Командоры только будут иметь право носить орденский крест на шее, а прочие Кавалеры должны носить малый крест в петлице».
Конвенция с Россией лишь частично компенсировала потери Мальтийского