В свою очередь, скоропостижная смерть 5 октября того же года князя Г.А. Потемкина-Таврического отрицательно сказалась и на последующей карьере самого Ф.Ф. Ушакова. После войны победитель турок при Фидониси, Керчи, Тендре и Калиакрии, наиболее талантливый, энергичный и самостоятельный из всех российских адмиралов того времени, не только не получил следующий чин (и старшинство) за отличия, оставшись «в тени» балтийских коллег, но и стал подчиненным возвращенного на Черноморский флот вице-адмирала Н.С. Мордвинова. Правда, Ф.Ф. Ушаков остался в Севастополе во главе корабельного флота, что позволило ему сохранить преемственность традиций своей школы, школы военно-морской выучки, прославившей российский флот в средиземноморских кампаниях конца XVIII – начала XIX веков.
Результатом легендарных подвигов русской армии и флота, увенчанных победой при Калиакрии, стало подписание 29 декабря 1791 года (9 января 1792 года) Ясского мирного договора, закрепившего за Россией Крым и Кубань и усилившего позиции России на Кавказе и Балканах.
Средиземноморские кампании Ф.Ф. Ушакова
С окончанием войны экипажи кораблей включились в работу по строительству Севастополя. Правительство по-прежнему отпускало мало средств на эти цели, и почти все создавалось силами моряков и солдат. Под руководством Ф.Ф. Ушакова было закончено строительство портовых сооружений, значительно расширено адмиралтейство, возведены новые мастерские и склады, каменные казармы для матросов, новое двухэтажное здание морского госпиталя на триста коек. В 1792 году Ф.Ф. отправился в Санкт-Петербург, где был принят императрицей. После этого он отправился в четырёхмесячный «домовой отпуск». В мае 1793 года вернулся в Севастополь.
Принимались меры к дальнейшему укреплению Севастопольской крепости. В июле 1793 года в Севастополе побывал А.В. Суворов, снова назначенный командующим войсками юга, расположенными в Екатеринославской губернии и на Крымском полуострове. Состоялась встреча двух военачальников – Ушакова и Суворова, сыгравших огромную роль в борьбе за выход России к берегам Черного моря. Они обсудили план дальнейшего строительства береговых укреплений. Флот в этом году в море не выходил, однако командующий корабельным флотом 2 сентября был произведён в вице-адмиралы. В 1794–1796 гг. вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков с частью корабельного флота осуществлял практическое плавание между Севастополем и Гаджибеем. Накалённая обстановка в Европе пока не сказывалась на подготовке флота. Самые большие затруднения были внутренние – недостаток материалов; денег, выделяемых из казны; проблемы с ремонтом кораблей и продолжением строительства порта; самоуправство вышестоящих чиновников Государственного Черноморского адмиралтейства и тысячи других обыденных проблем, которые приходилось решать флоту. Тлел и давний конфликт между Ф.Ф. Ушаковым и председателем адмиралтейства Н.С. Мордвиновым.