Летом 1664 г. Пенн отправился в путешествие по Швейцарии и Италии в компании Роберта Спенсера. Именно тогда состоялось знакомство Пенна с дядей Роберта – Олджерноном Сиднеем, находившимся тогда в изгнании110.
Однако уже в конце лета 1664 г. Пенн-старший письмом вызвал сына домой. Причиной была начавшаяся война с Голландией. Карл II назначил своего брата герцога Йоркского лордом-адмиралом. Лорд-адмирал разделил свой флот на три эскадры: начальником 1-й стал принц Руперт, 2-й – лорд Сандвич, 3-й – сам герцог Йоркский. Но все эти начальники были люди сухопутные, а с голландской стороны им противостояли бывалый моряк де Рёйтер (De Ruyter) и хотя не имевший большого морского опыта, но способнейший де Витт (De Witt). Пенн-старший посоветовал герцогу пригласить на службу военных моряков, служивших республике и Кромвелю: «Не обращайте внимания на их религию, и я отвечаю за их храбрость». Герцог последовал совету и некоторых старых республиканцев даже назначил капитанами. Уильям Пенн стал «великим капитаном флота»: ему полагалось находиться на адмиральском корабле герцога для общего руководства флотом.
Франция тогда явно склонялась к союзу с Голландией, поэтому старшего сына английского адмирала вполне могли арестовать там и держать в заключении как заложника. Адмирал Пенн, вызвав сына из Франции, хотел поручить ему управление семейным имуществом близ Корка.
Письмо отца Уильям Пенн получил где-то в Италии и безропотно подчинился. Через Савойю и далее морским путём он поспешно проследовал в Лондон, куда прибыл примерно в середине августа 1664 г.
Пенн-старший позаботился о том, чтобы сын его с пуританами больше не связывался. Жизнь Пенна-младшего в Лондоне была полна визитов, балов и званых обедов. Наблюдавший его тогда Сэмюэл Пипс отметил даже (30 августа 1664 г.) «суетность его французского гардероба, несколько аффектированную манеру речи и походки».
По настоянию отца с 7 февраля 1665 г. Пенн начал проходить юридическую практику в одном из судов Лондона – Lincoln’s Inn. В таких школах при судах занятия проводились сессиями, во время которых стажёрам полагалось жить в школе. Сохранились документы этого суда, из которых следует, что Пенн должен был стажироваться там 23 января – 13 февраля, 12 апреля – 8 мая, 26 мая – 14 июня и 23 октября – 28 ноября111.
Но в каникулярный период отец вызвал сына к себе на корабль. Оба присутствовали 24.03.1665 на церемонии поднятия флага герцога Йоркского на корабле «Royal Charles» («Король Карл»). В последующие дни Уильям Пенн-младший видел бои между английскими и голландскими кораблями. После одного из первых сражений Второй англо-голландской