Однако по возвращении в Англию ему и Венэйблсу пришлось держать ответ за невыполнение основной поставленной задачи – захвата Сан-Доминго. Венэйблс и Пенн валили вину друг на друга. По настоянию Кромвеля Совет лишил обоих генералов званий и заточил их в Тауэр (20.09.1655).
Вскоре Кромвель предложил Пенну освобождение на следующих условиях: он должен был признать себя виновным и просить у Кромвеля прощения; отказаться от звания морского генерала и выйти в отставку; безвыездно жить в своём поместье, пока ему не разрешат более дальние перемещения. Пенн согласился и был выпущен после 5-недельного заключения.
Маргарет забрала Уильяма из Чигуэллской школы. Именно тогда (октябрь или ноябрь 1655 г.) с 11-летним Уильямом приключилось первое религиозное видение: однажды ночью ему показалось, что комната наполнилась нежным, лучезарным небесным светом.
Во исполнение условий, продиктованных Кромвелем, в 1656– 1660 гг. вся семья Пенна жила в Ирландии, в поместье Макрум-Касл (Macroom Castle). Отставной адмирал обустраивал поместье и почувствовал к этому вкус: прокладывал дороги, строил питомники, фермы, разбивал сады. Младшего Пенна учили на дому хорошие учителя, подготовившие его к поступлению в Оксфорд. Младший Пенн занимался бегом, греблей, верховой ездой. Некоторые привычки богатого сельского джентльмена, приобретённые тогда, сохранились у него до конца дней. Так, Пенн стал большим любителем и знатоком лошадей (и впоследствии постарался завести в Пенсильвании лучшие породы). Неравнодушен Пенн был и к водному транспорту: его любимым способом передвижения (особенно в Америке) было плавание по реке на шестивёсельной лодке. В Ирландии в годы отрочества он всё больше втягивался в хозяйственные заботы отца, приобретая деловую хватку.
В Ирландии же в 1657 г. Пенн впервые услышал квакерского проповедника – Томаса Лоу (Loe, Thomas, ум. в октябре 1668), который впоследствии сыграл выдающуюся роль в том религиозном перевороте, который сделал Пенна квакером.
После смерти Оливера Кромвеля и отставки его преемника – протектора Ричарда Кромвеля (май 1659 г.) Пенн-старший открыто объявил о своей приверженности Карлу II и отправился в Нидерланды ему навстречу. Графство Веймут (Weymouth) 2 апреля 1660 г. избрало его в состав того парламента-конвента, который восстановил в Англии королевскую власть и пригласил в страну Карла II как законного короля. Карл II возвёл Пенна-старшего в сэры (в рыцарское достоинство).
В 1660 г. Карл II назначил Пенна морским комиссаром (a Commissioner of the Navy) с жалованием в 500 ф. ст. в год и казённой квартирой в Лондоне102. Он стал также губернатором Кинсэйла (Kinsale), комендантом форта Кинсэл, получил титул адмирала Ирландии, за что ему полагалось дополнительно 400 ф. ст. в год. Лорд Маскери, он же лорд Кланкарти, теперь стал одним из приближённых монарха. Пенн вынужден был вернуть Макрум законному хозяину. Однако король пообещал выделить другие земли и дал соответствующее