В 1676 г. Алексей Михайлович умер и на престол вступил его старший сын четырнадцатилетний Федор, правивший до 1682 г.
Федор Алексеевич, воспитанник Симеона Полоцкого был, как и его отец, сторонником реформ, но для русского общества в те времена (да и во все другие) нужна не только санкция верховной власти, но и ее непосредственная реформаторская деятельность. Слабый и болезненный, юный царь не мог возглавить реформы. Казалось бы, родственники матери Федора должны были бы помогать ему, но они были ярыми противниками реформ и всеми средствами им препятствовали. Тем не менее, при царе Федоре было организовано несколько духовных школ и составлен проект будущей Славяно-греко-латинской академии, открывшейся уже после его смерти.
Со времени Собора 1666 г. велись споры о том, какой должна быть «правильная школа» – латинской или греческой. Победили сторонники греческой школы, потому что несмотря на присутствие многочисленных иностранцев, Немецкую слободу в Москве и т.п., Европа все еще представлялась далекой и чуждой многим русским людям XVII в. Они видели в «латинстве» опасность для православия и национальной самобытности.
Но «ревнители старины», ратовавшие за греческую школу, не принимали во внимание, что наследие Древней Греции было доступно в основном на латинском языке, а толкование этого наследия великими умами Западной Европы было всё на латинском языке. Кроме того, они не учитывали, что чисто греческую систему обучения после падения Константинополя в 1453 г. уже негде было заимствовать. Поэтому неизбежно возникали латинские школы. Но при распространении латинского языка расширялась аудитория у католических богословов. Для Руси это имело то пагубное следствие, что охранители православной веры оказывались, может быть, и вопреки их воле, в положении противников просвещения и образования вообще. Выходом из этого противоречия, казалось бы, была организация перевода нужных книг с латыни на церковнославянский и соответствующее сокращение преподавания на латыни. Иными словами, «правильная школа» должна была бы быть славянской. Но такая концепция даже не обсуждалась. Лишь спустя двести лет она была реализована Ломоносовым в регламенте Петербургской академической гимназии.
Задержка в развитии не только светского, но даже духовного образования имела существенные негативные последствия. О них С.Ф. Платонов писал так: «Необразованный ум тогдашних мыслителей не умел отличить догмата от внешнего обряда, и обряд, даже мелкий, стали ревниво оберегать как залог вечного