Різні погляди на темпи реформ у Москві спровокували конфлікт між Єльциним і впливовим секретарем ЦК Єгором Лігачовим, котрий очолював колись Томський обком, а зараз представляв консервативне крило горбачовського Політбюро. Восени 1987 року Єльцин виступив не тільки проти Лігачова, а й проти самого Горбачова; він указав на проблеми зі здійсненням реформ і звинуватив членів Політбюро в низькопоклонстві перед генсеком. У відповідь Горбачов зняв Єльцина з вищої посади Московської партійної організації та викреслив із кандидатів у члени Політбюро. На партійній кар’єрі Єльцина було поставлено хрест. Він вибачився перед Горбачовим і його колегами, але все було марно. Здавалося, його життя повернулось у вихідну точку: він був призначений першим заступником начальника Держбуду СРСР – країни, яка ще будувала соціалізм, хоч уже починала замислюватися над його «перебудовою». Вигнання Єльцина з Політбюро знаменувало поразку ліберального крила в горбачовському таборі та тріумф консерваторів. А за рік тріумфатор Лігачов привселюдно висварив Єльцина: «Борисе, ти неправий»45.
Однак якщо Політбюро в особі Єльцина втратило одного з радикалів, то демократичний рух, який зароджувався в Росії, несподівано здобув лідера. Ситуація у країні загалом змінювалася на користь Єльцина. Ані на мить не забуваючи про міць партапарату, здатного втрутитись у його реформаторську політику, і не маючи змоги взяти його під свій повний контроль, Горбачов повів хитру гру з метою послабити владу чиновників. У 1989 році, за рік після виключення Єльцина з кандидатів у Політбюро, генсек санкціонував початки політичної діяльності поза партією, покінчивши таким чином із більш як 60-річною монополією КПРС у політичному житті країни. Нова виборча система, уперше в радянській історії, уможливлювала вибори на альтернативній основі, а партійним секретарям було сказано, що вони можуть залишитися при владі тільки в разі обрання до місцевих рад. Реальна влада передавалася з кабінетів партійної номенклатури до регіональних рад і республіканських парламентів.
Партійні чиновники