При обсуждении плана на 1948/1949 г. И. В. Сталин поручил Н. А. Вознесенскому как председателю Госплана обеспечить такой рост, чтобы не было падения плана производства в первых кварталах против последних. Н. А. Вознесенский сказал, что сделает это, и составил такой план, в котором не было падения производства в первом квартале, а намечалось даже некоторое повышение. И. В. Сталин был очень доволен.
Через три месяца после этого Л. П. Берия предоставил И. В. Сталину служебную записку заместителя председателя Госплана М. П. Помазнева, ведавшего химией, на имя Н. А. Вознесенского: «Мы правительству доложили, что план этого года в первом квартале превышает уровень IV квартала предыдущего года. Однако при изучении статистической отчетности выходит, что план первого квартала ниже того уровня производства, который был достигнут в IV квартале, поэтому картина оказалась такая же, что и в предыдущие годы». Ознакомившись с запиской, Н. А. Вознесенский наложил резолюцию: «В дело», то есть не дал ей хода. И. В. Сталин был поражен докладом Л. П. Берии: «Этого не может быть!» и велел проверить этот факт. Он подтвердился. И. В. Сталин был вне себя: «Значит, Вознесенский обманывает Политбюро, и нас, как дураков, надувает? Как это можно допустить, чтобы член Политбюро обманывал Политбюро? Такого человека нельзя держать ни в Политбюро, ни во главе Госплана!»
Фигурировал в постановлении Политбюро ЦК ВКП (б) «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП (б) товарища Кузнецова А. А. и кандидатов в члены ЦК ВКП (б) тт. Родионова М. И. и Попкова П. С.» от 15.02.1949 г. Подчеркнув, что вышеназванные лица имеют «нездоровый, небольшевистский уклон, выражающийся в демагогическом заигрывании с Ленинградской организацией, в охаивании ЦК ВКП (б), который якобы не помогает Ленинградской организации, в попытках представить себя в качестве особых защитников интересов Ленинграда, в попытках создать недоразумение между ЦК ВКП (б) и Ленинградской организацией и отдалить таким образом Ленинградскую организацию от ЦК ВКП (б)», Политбюро в отношении его указало: «Отметить, что член Политбюро ЦК ВКП (б) т. Вознесенский, хотя и отклонил предложение т. Попкова о «шефстве» над Ленинградом, указав ему на неправильность такого предложения, тем не менее все же поступил неправильно, что своевременно не доложил ЦК ВКП (б) об антипартийном предложении «шефствовать» над Ленинградом, сделанным ему т. Попковым».
Как председателю Госплана, Вознесенскому были предъявлены следующие обвинения: «…В результате проверки, проведенной бюро Совета Министров СССР в связи с запиской Госснаба СССР (т. Помазнева) о плане промышленного