С 1785 года Кутузов был командиром им же сформированного Бугского егерского корпуса. Командуя корпусом и обучая егерей, он разработал для них новые тактические приёмы борьбы и изложил их в особой инструкции. Он прикрывал с корпусом границы вдоль Буга, когда разгорелась вторая война с Турцией в 1787 году.
Летом 1788 года со своим корпусом принимал участие в осаде Очакова, где в августе 1788 года вторично был тяжело ранен в голову. Михаил Илларионович выжил и в 1789 году принял отдельный корпус, с которым занимал Аккерман, сражался под Каушанами и при штурме Бендер.
Кутузов стал одним из наиболее видных военачальников русской армии, на него возлагались все более ответственные задачи. Особенно отличился он при штурме Измаила в декабре 1790 года. А.В. Суворов поручил своему ученику командование шестой колонной, которая должна была наносить удар через Килийские ворота и овладеть Новой крепостью – одним из сильнейших опорных пунктов обороны. Михаил Илларионович лично повел воинов на штурм. Дважды они были отброшены, но в третьей атаке опрокинули противника и ворвались в крепость. Здесь войска Кутузова соединились с другими колоннами и в жестоком бою истребили гарнизон Измаила.
После взятия Измаила Кутузова произвели в генерал-поручики, наградили Георгием 3-й степени и назначили комендантом крепости. Отразив попытки турок овладеть Измаилом, он 16 июня 1791 года внезапным ударом разгромил 23-тысячное турецкое войско при Бабадаге. В Мачинском сражении в июне 1791 года под командованием князя Репнина Кутузов нанёс сокрушительный удар по правому флангу турецких войск. За победу под Мачином Кутузов удостоился ордена Георгия 2-й степени.
В 1795 году Кутузов был назначен главнокомандующим над всеми сухопутными войсками, флотилией и крепостями в Финляндии и одновременно директором Сухопутного кадетского корпуса. Он многое сделал для улучшения подготовки офицерских кадров: преподавал тактику, военную историю и другие дисциплины. Екатерина II ежедневно приглашала его в своё общество, он провел с ней и последний вечер перед её кончиной.
В отличие от многих других фаворитов императрицы, Кутузов сумел удержаться и при новом царе Павле I. В 1798 году произведён в генералы от инфантерии. Был литовским (в 1799—1801годах) и, по воцарении Александра I, петербургским (в 1801–1802 годах) военным губернатором.
В сентябре 1802 года неожиданно последовал указ Сената об отставке генерала от инфантерии Кутузова от всех должностей. Причиной отставки называлась болезнь, но дело было в ином. Император догадывался об осведомленности Михаила Илларионовича о событиях ужасной мартовской ночи 1801 года и поспешил удалить его из столицы.
В 1805 году Александр I вспомнил об опальном генерале. В жизни Михаила Илларионовича наступил важный период: ему предстояло возглавить русскую армию в заграничном походе и впервые встретиться на поле боя с прославленным Бонапартом. Он подчинялся австрийскому