Святитель розумів ненормальність розколу українського народу і запропонував перспективний шлях виходу з кризи, зокрема створення Київського Патріархату, фактично здобуття автокефалії. Але смерть святителя, а потім війни не дали можливості реалізувати цей величний намір.
Петро Могила продовжував наводити лад в УБПЦ, не зупиняючи темпу реформи. Характерно, що ця реформа була всебічною і не було жодної ділянки церковного життя, що їх не охопив би митрополит своєю невсипущою енергією і працею. Історик Іван Власовський назвав головні напрями реформаторської діяльності Петра Могили: «церковні собори; школи й духовна освіта, розвиток православної богословської науки; церковне богослужіння й видання богослужбових книг; будова й реставрація православних святинь; монастирське життя; праця православних братств, – все це… було предметом піклування митрополита».
Петро Могила створив також Духовну консисторію як потужний апарат для поширення впливу влади митрополита, надійного контролю над духовенством і насамперед дієвого церковного суду. З її допомогою він рішуче взявся за піднесення внутрішньо-церковної дисципліни, очищення лав духовенства від осіб, які вели аморальний спосіб життя, виявляли елементарний непослух своїм зверхникам.
1632 року він об’єднав Братську школу і Лаврський колегіум. Так виникнув навчальний заклад, який 1658 року здобув право називатися Академією (її знали як Києво-Могилянську). Тут відзначимо тільки, що цей православний навчальний заклад мав скласти гідну конкуренцію католицьким (і таки склав її), взорував на єзуїтські зразки. Тут використовувалися програми єзуїтських колегіумів, підручники, певні традиції, зокрема традиція шкільних вистав. Митрополит уперше запровадив у програми навчання польської та латинської мов крім звичних церковнослов’янської та грецької. Влучно підмітив вдалий спосіб викладання в КМА відомий історик
Ігор Шевченко: «Не дивно, що колегія Могили багато що перейняла від єзуїтської системи навчання – з ворогом потрібно було боротися його ж зброєю». КМА стала знаменитим центром духовного життя, науки та освіти не тільки України, але й усього православного світу. Подібні колегіуми він заснував у Вінниці, Гощі, Кременці, Більську (ці через несприятливі умови занепали по смерті святителя), в Яссах. Дивно, що енергії митрополита вистачало не тільки на Україну й Білорусь, але на Молдавію та Валахію!
Винятково