Михаил Александрович к тому моменту был освобожден от надзора ЧК, вероятно, контрреволюционером его не считали. Поэтому он очень удивился, когда 7 июня его вызвал к себе новый начальник одного из отделов Чрезвычайной комиссии. Между тем Мясниковым двигало не пустое любопытство. В его голове уже начал зарождаться план убийства великого князя. Интересно, что короткая встреча, в ходе которой Мясников потребовал от князя и его секретаря ежедневно отмечаться в чрезвычайке, в их дневниках описана совершенно по-разному. Князь Михаил уделил ей всего одну строчку: «В Чрезвычайном Комитете я слегка сцепился с одним «товарищем», который был очень груб со мною». А Мясников смакует все детали этой встречи, явно преувеличивая свою значимость и подчеркивая свою полную власть над братом императора.
Почему Мясников задумал это убийство? В своей книге «Философия убийства, или Почему и как я убил Михаила Романова» он пишет, что им двигало желание послужить новой власти, уничтожив человека, вокруг которого могли объединиться все враждебные Советам политические силы. Но так ли это? В книге Мясников отзывается о великом князе резко и непочтительно: «Ведь что такое Михаил? Очень глупый субъект. Одеть его в блузу рабочего, запретить называться Михаилом Романовым, заставить работать, ну, хотя молотобойцем, и он будет выглядеть не очень развитым, недалеким рабочим. А вот поди же ты! Получилась такая расстановка борющихся сил, что этого недалекого человека выдвигают на роль вершителя судеб величайшей страны, и из него может получиться впоследствии некое божеское воплощение на земле». Уж не зависть ли это? Не желание ли уничтожить сильного и благородного человека, по сравнению с которым он выглядел жалко и испытывал сильнейший комплекс неполноценности?
Через пять дней Мясников собирает группу заговорщиков и предлагает убить великого князя, а затем распустить слух о его побеге.
Заговорщиков было пятеро. Кроме Мясникова, который предпочел убить Михаила чужими руками, в нем участвовали Марков, Иващенко, Жужгов и Колпащиков. Мясников решил обставить убийство таким образом, чтобы его можно было представить как необходимую меру при попытке великого князя к бегству. В Королевских номерах замысел осуществить едва ли бы удалось, поэтому решено было вывезти Михаила в лес. Но как это сделать? В ГубЧК Марков напечатал поддельный ордер на арест. Кто его подписал, неизвестно до сих пор. Это мог быть либо сам Мясников, либо новый председатель ЧК Мальков.
В десять минут первого, накануне праздника Вознесения Господня (13 июня), Жужгов вошел в номер к больному князю. Михаил жестоко страдал от язвы и в последние три дня не выходил из номера. Заговорщик показал князю ордер и потребовал одеться и следовать за ним. Устно он объяснил, что получил поручение увезти Михаила Александровича подальше от надвигавшегося фронта. Великий князь почувствовал неладное. Он потребовал вызвать по телефону Малькова, затем – врача. Потом оделся, но отказался покидать комнату, ссылаясь на