К тому времени в ЦИК, в основном правили евреи, поэтому члены ЦИК не на шутку испугались оголтелых антисемитских настроений Автономова, и решили от него побыстрее избавиться. Вскоре, как и следовало ожидать, постановлением 3-го Чрезвычайного съезда Советов Кубано-Черноморской республики Алексей Иванович Автономов был отстранен от должности главнокомандующего войсками Кубано-Черноморской республики. А должность главнокомандующего ЦИК заменил так называемым чрезвычайным штабом обороны, в который, по его рекомендации, вошло семь угодных ЦИК штатских большевиков. Тогда Автономов был вынужден выехать в Тихорецкую и там перед командирами своей армии выступил открыто против ненавистного ему правительства.
В разгоревшейся распре приняла участие и армия. Ее посланцы на фронтовом съезде в Кущевке постановили, чтобы все войска Северного Кавказа были впредь подчинены главкому Автономову. Фронтовой съезд в категорической форме потребовал от центральной власти, которая находилась в Екатеринодаре, чтобы она остановила вмешательство в военные армейские дела своих некомпетентных гражданских лиц, а также упразднила чрезвычайный бездарный штаб обороны, который был организован для управления войсками Кубано-Черноморской республики.
28 мая 1918 года Алексей Иванович Автономов путём закулисных интриг и грязных наветов был всё таки отстранен от должности. На его место Главкомом Красных войск Кубано-Черноморской республики был назначен бывший царский подполковник латыш Карл Иванович Калнин, а его армия была переименована в Красную армию Северного Кавказа. Эта армия своими действиями сковывала на Кубани белогвардейские войска Добровольческой армии под командованием генерала А.И. Деникина. Тем самым Красная армия Северного Кавказа оказывала неоценимую помощь войскам 10-й Красной армии под командованием Климента Ефремовича Ворошилова, которая до февраля 1919 года в составе Южного фронта отражала наступление Донской армии генерала Петра Николаевича Краснова на камышинском и царицынском направлениях.
Во второй половине 1918 года Гражданская война в России разгорелась так, что и конца ее не было видно. Тем временем белогвардейские силы сосредоточились вокруг двух центров: Добровольческой армии под командованием генерала Антона Ивановича Деникина, которую поддерживала Антанта, то есть военно-политический блок. Договор, заключенный между Россией, Англией и Францией и Донской бело казачьей армией, верной монархической России, под руководством донского атамана генерала от кавалерии Петра Николаевича Краснова, сформированной с помощью германских интервентов.
Особое значение для войск Северо-Кавказской Красной армии и белогвардейских войск приобрел Царицынский участок Южного фронта, так как там соединялись две железнодорожные магистрали, идущие от станций Лихая и Тихорецкая. В случае, если красные займут этот участок,