Потапову поручено было разобрать по пунктам все претензии казаков, освидетельствовать запасы пороха и свинца, запечатать денежную казну и поверить приходо-расходные книги. Производя следствие, по сущей справедливости и без всякой «поноровки» на ту или другую сторону, Потапов должен был прежде всего отрешить Бородина от присутствования в войсковой канцелярии, Логинова за самовольный сбор с соленой рыбы и икры арестовать, и «как ему, Логинову, так атаману Бородину и прочим старшинам, кои отрешены будут, ни в какие войсковые дела и советы, ни под каким видом отнюдь, впредь до решения следственного дела не вмешиваться и в круги не ходить». Для удержания войска в повиновении и на случай ареста и содержания виновных под караулом, генерал-майору Потапову секретным ордером разрешено было потребовать из Оренбурга воинскую команду, «но однако же оное чинить с крайним осмотрением и довольным рассуждением, дабы напрасно людей походом не изнурить, а взятием команды тому Яицкому войску к какому бы непристойному рассуждению причины не подать».
Запретив Потапову вмешиваться во внутренние дела войска, коллегия возлагала это на наказного атамана. И хотя указом Правительствующего сената и велено в выборе атамана «поступать по данным им грамотам и указам непременно», но вследствие несогласий, в каких находились между собой многие старшины, сотники и казаки, Потапову приказано было от Военной коллегии[20] выбрать из Оренбургского войска исправного старшину и определить его наказным атаманом.
Этим последним решением коллегии депутаты были обижены и от имени войска просили дозволить им самим выбрать атамана. «Из приложенной челобитной, – писала императрица князю Трубецкому[21], – усмотрела я, что яицкие казаки недовольны тем командиром, который им от Военной коллегии дан, и представляют, что то учинено против их привилегий и в противность сенатского определения, которым определено выбрать им наказного атамана из их общества. Того ради изволь о том справиться, и если то подлинно учинено против их привилегий и им принадлежит выбор