Распоряжения эти не были приведены в исполнение. Генерал-майор Брахвельд затягивал дело и явно склонялся на сторону атамана. Он не дозволил Логинову ходить в казачьи круги и устранил его от присутствия в войсковой канцелярии, а Бородину запретил только штрафовать и наказывать казаков, но не отрешил его от должности. Производя следствие, Брахвельд часто в присутствии шептался с атаманом, заставлял казаков подписывать свои показания, не давая им прочесть их, а потому подписавшие были уверены, «что не все в тех допросах казачьи речи вписывались». Прапорщик Иглеин часто совещался со старшинами и не скрывал от них показаний казаков. Столь пристрастное ведение дела заставило поверенных от войска, старшину Ульянова и казака Черноморского с товарищи, отказаться от участвования в комиссии, и следствие по необходимости было приостановлено. Бородин по-прежнему злоупотреблял своей властью, и Логинов, видя бездействие комиссии, решился сам ограничить власть атамана. Поставив свой сундук в соляной конторе, он стал собирать деньги за соленую рыбу и икру. Казаки несли пошлины к Логинову, а не к атаману и решили отправить депутатов в Петербург. Собрав с каждого человека по 30 коп., они послали в столицу казаков Ульянова и Копеечкина с прошением, в котором изложены были главнейшие пункты злоупотреблений атамана и под которым подписались 2800 человек.
Войско обвиняло Бородина: 1) в удержании за два года пороха и свинца; 2) в невыдаче денежного и хлебного жалованья; 3) в определении в войско сверх положенного числа старшин своих родственников; 4) в дозволении участвовать в рыболовстве таким лицам, которые в казачью службу не употребляются; 5) в излишних денежных сборах[18]; 6) в отдаче сызранским купцам, без общего согласия, на откуп кабаков; 7) в невзыскании по указу Камер-коллегии