Черняев с гордостью сообщал в своих донесениях, как он с помощью различных хитростей, имея в распоряжении лишь малочисленный отряд, сумел завоевать большой азиатский город: он давно воевал в этих краях и знал местные нравы, однако воистину: на всякого мудреца довольно простоты! Было написано письмо, которое должен был передать астроном К.В. Струве. Михаил Григорьевич считал, что посольство в Бухару может дать прекрасную возможность, чтобы разведать подступы к этому ханству и его экономический и военный потенциал, для чего вместе со Струве ко двору эмира были отправлены офицер Генерального штаба, топограф и горный инженер. Черняев был, видимо, доволен собой до тех пор, пока не получил известие, что все его разведчики арестованы в Бухаре, то есть взяты в заложники. Он потребовал от эмира объяснений и получил дерзкий ответ, адресованный просто: «Михаилу Черняеву», без титулов и обычных льстивых пожеланий и преувеличений. Эмир обещал освободить заложников, если его посланцы доберутся до Петербурга. На начальном этапе верх в этой интриге одержал эмир.
Третья интрига, против Крыжановского, завершилась губительно для карьеры Михаила Григорьевича. Вначале их отношения были безоблачными; начальник Оренбургского края относился к Черняеву очень доброжелательно, хотя, видимо, небескорыстно: хорошо была известна исключительная инициативность этого офицера, и он надеялся с его помощью приобрести боевые награды, которые в 60-х гг. можно было получить только в Азии. Крыжановский был, видимо, тщеславен. Он нацелился на Ташкент, но генерал Черняев не захотел поделиться с ним Ташкентом. Это обстоятельство внесло охлаждение в отношения двух губернаторов, но само по себе не сделало бы Крыжановского врагом Черняева. В этой интриге инициативой владел Михаил Григорьевич, он сделал многое, чтобы превратить оренбургского генерал-губернатора в своего врага, совершенно не желая учитывать личные качества и амбиции последнего. Известный ученый, внимательный и непредвзятый наблюдатель Николай Александрович Северцов так характеризовал