В новых походах отцу Симеону опять повезло. Правду говорят: храбрых судьба боится. Всю Отечественную войну и зарубежные походы отец Симеон прошел «с полком неотлучно». Генерал-лейтенант Бромберг в донесении Барклаю-де-Толли пишет: «В кампанию <…> 1812 года в деле, бывшем <…> 16 Ноября, я был самовидцем, что пехотного Нашенбургского полка протоиерей Якубович находился в самом огне с крестом и тем ободрял солдат к неустрашимости и исполнению их обязанностей, о чем долгом себе поставляю свидетельствовать».
Примерно такие же строки поступают к Барклаю-де-Толли от армейского благочинного Онисима Боровика, который подает прошение о награде отца Симеона камилавкой. Представление о награде было удовлетворено. И только после окончания войны в 1815 году отец Симеон «по болезни колен» выходит в отставку.
В наступившие мирные дни отец Симеон направился в Екатеринославскую епархию служить священником Херсонского военного госпиталя. В то время, согласно указу Императора Павла I, в госпитальные и крепостные недвижимые церкви не определяли никого «кроме армейских священников, несколько лет в армии служивших:, а потому и заслуживающих сии покойные места».
Покоя, однако, опять не получилось. На сей раз беда пришла совсем с другой стороны. Виною тому стал все тот же беспокойный характер батюшки. В 1821 году против отца Симеона было начато следствие. Священник Одесского пехотного полка Павел Стефанович написал рапорт благочинному Софронию Сомборскому о «причинении разных обид от Якубовича». Но поскольку жалобщик выехал вместе с полком на другое место службы, а на требование представить «ясные доказательства» прислал письмо, где «ничего не говорил по существу», отец Симеон был оправдан.
Вскоре открылось новое дело. На Высочайшее имя поступила жалоба от титулярного советника Степана Витвицкого о причинении ему, его жене и невестке протоиереем Якубовичем «в пьяном образе при многолюдном собрании <…> первым поносительным ругательством, а последней боем [побоями] тяжкой обиды».
На время расследования, проводившегося совместно духовными и гражданскими лицами, отец Симеон был даже запрещен в священнослужении.
Следствие склонялось к тому, что он был виновен. В конце концов, дело разрешилось для протоиерея Симеона благополучно: чиновник заявил, что «по человеколюбию и старости его лет отца Якубовича прощает».
В октябре 1821 года титулярный советник и отец Якубович вместе написали покаянные письма на имя Государя Императора, Главного священника армии и следственной комиссии с внесением «в казну мировых денег» и взаимным прощением обид. В письмах было сказано, что «мы, сойдясь и