В продолжение пяти дней, протекших до погребения, она не переставала молиться. Эта долгая молитва внушила ей странный поступок. Накануне похорон она вызвала градоначальника и велела ему немедленно отвезти себя в Таганскую тюрьму, где содержался Каляев в ожидании военного суда.
Когда ее ввели в камеру убийцы, она спросила его: «Зачем вы убили моего мужа? Зачем вы отяготили свою совесть таким ужасным преступлением?» Заключенный, встретивший ее сначала подозрительным, озлобленным взглядом, заметил, что она говорит с ним кротко и называет убитого не «великий князь», но «мой муж». «Я убил Сергея Александровича, – ответил он, – потому что он был орудием тирании и притеснителем рабочих. А я – мститель за народ, как социалист и революционер». Она возразила с тою же кротостью: «Вы ошибаетесь. Мой муж любил народ и думал только об его благе. Поэтому ваше преступление не имеет оправдания. Не слушайтесь вашей гордости и покайтесь. Если вы вступите на путь покаяния, я умолю государя даровать вам жизнь и буду молиться Богу, чтобы Он вас простил так же, как я сама уже вас простила».
Столь же растроганный, сколь удивленный такой речью, он имел силу сказать ей: «Нет, я не раскаиваюсь. Я должен умереть за свое дело – и я умру». – «Если так, раз вы отнимаете у меня всякую возможность спасти вам жизнь, если вы, несомненно, скоро предстанете перед Богом, сделайте так, чтобы я могла по крайней мере спасти вашу душу. Вот Евангелие: обещайте мне внимательно читать его до вашего смертного часа». Он отрицательно покачал головой, потом ответил: «Я буду читать Евангелие, если вы мне обещаете, в свою очередь, прочесть вот эти записки о моей жизни, которые я заканчиваю; они заставят вас понять, почему я убил Сергея Александровича». – «Нет, я не буду читать ваших записок… Мне остается только помолиться за вас». Она вышла из камеры, оставив Евангелие на столе.
Несмотря на неудачу, она написала императору, чтобы получить помилование убийце. Но почти в то же время всё общество узнало о ее посещении Таганской тюрьмы. Ходили самые странные, самые романтические рассказы: все утверждали, что Каляев согласен просить о помиловании.
Несколько дней спустя она получила от заключенного письмо приблизительно такого содержания: «Вы злоупотребили моим положением. Я не выказывал вам никакого раскаяния, потому что я его не чувствую. Если я согласился вас выслушать, то это потому только, что я в вас увидел несчастную вдову убитого мною человека. Я сжалился над вашим горем, и больше ничего. Объяснение, которое дают нашему свиданию, меня бесчестит. Я не хочу помилования, о котором вы хлопочете для меня…»
Процесс его шел своим чередом. Следствие очень затянулось из-за напрасных розысков сообщников, из которых главным был Борис Савинков. В мае Каляев был приговорен к смерти.
На другой день министр юстиции Манухин, делая доклад государю, спросил его, желает ли он смягчить приговор