Но в начале апреля сотрудники Следственного комитета провели обыски и выемки документов в четырех московских банках – «Русь-Банке», «Мосстройэкономбанке», «БИНБАНКе» и «МФТ-банке». Выемки были связаны с расследованием уголовного дела в отношении дочек «Русснефти». В банках же прямую связь с «Русснефтью» отрицали – даже в «БИНБАНКе», глава которого Михаил Шишханов приходился Гуцериеву племянником. Однако в окружении Гуцериева открыто заговорили о том, что в Кремле недовольны некоторыми его политическими и бизнес-проектами.
Прессинг правоохранителей не замедлил сказаться на показателях «Русснефти». Еще в феврале котировки рублевых облигаций «Русснефти» упали до 87,3 % от номинала. Облигации, считавшиеся еще в середине января устойчивым «середняком» второго эшелона, переместились в самые последние ряды третьего. С этим же прессингом многие эксперты связывали продажу «Русснефтью» в апреле 66,16 % акций ОАО «Северноенефтегаз» ТНК-ВР. Впрочем, их оппоненты считали, что продажа – часть программы реструктуризации бизнеса Михаила Гуцериева.
Май заставил экспертов прекратить дискуссии. Сотрудники следственного комитета при МВД России 14 мая предъявили обвинения Михаилу Гуцериеву, а также еще трем топ-менеджерам ОАО «НК «Русснефть» и руководителям входящих в нее структур. Всем им инкриминировалось «незаконное предпринимательство, сопряженное с извлечением дохода в особо крупном размере». Никто из них своей вины не признал.
В начале мая Михаил Гуцериев и вице-президент «Русснефти» Сергей Бахир, а также руководители дочерних предприятий НК «Нафта-Ульяновск» Виктор Курочкин и «Ульяновскнефть» Игорь Еланский получили повестки явиться на допрос в следственный комитет при МВД. В повестках указывалось, что все четверо должны прибыть с адвокатами и принять участие в следственных действиях в рамках возбужденного осенью 2006 года дела № 248120. Допросив господ Гуцериева, Бахира, Еланского и Курочкина в качестве обвиняемых, следователь избрал для них в качестве меры пресечения подписку о невыезде и взял с них письменное обязательство по первому требованию являться для дачи показаний.
От официальных комментариев в «Русснефти» воздержались, лишь подтвердив факт предъявления обвинения. Неофициально же близкие к Гуцериеву источники связывали уголовное дело с политическими проектами президента «Русснефти» на Кавказе. Они утверждали, что после «общения на самом верху» все эти проекты были свернуты. Именно после этого Генпрокуратура передала дело в СК, где его переквалифицировали с части 2-й статьи 199 УК («уклонение от уплаты налогов с организации путем включения в бухгалтерские документы заведомо искаженных данных о доходах», санкция до шести лет заключения) на менее тяжкую статью УК, максимальное наказание по которой ограничивается