Кроме «Русснефти» Гуцериеву принадлежало 50 % ЗАО «Русский уголь» (входившее в десятку крупнейших угольных компаний страны) и опцион на выкуп оставшихся 50 %, 75 % ЗАО «Русская содовая компания» (в тройке крупнейших химических предприятий), поставщика кальцинированной соды, из которой производят стекло и химикаты, а также некоторое количество активов в области недвижимости (в том числе «Смоленский» и «Петровский» пассажи).
Михаил Гуцериев был известен не только как политик и бизнес-практик, но и как теоретик бизнеса. Он автор пяти монографий и серии научных публикаций по проблемам развития свободных экономических зон и офшорного бизнеса в России. Кандидат юридических, доктор экономических наук. Награжден орденами Дружбы и «Знак Почета», медалью «За отличие в специальных операциях». Кандидат в мастера спорта по десятиборью. Его именем названы две улицы – в Грозном и в чеченском селе Гойты.
15 ноября 2006 года Генпрокуратура сообщила о возбуждении уголовных дел в отношении руководителей трех дочерних предприятий «Русснефти». Их обвинили в сверхлимитной добыче нефти и, следовательно, в незаконном предпринимательстве. По версии следствия, доход от реализации нефти, добытой ЗАО «Нафта-Ульяновск» с нарушениями лицензионных соглашений, составил почти 700 млн руб., а доход ОАО «Ульяновскнефть» – около 2 млрд руб. ОАО «Аганнефтегазгеология» (АНГГ) за один год добычи нефти сверх лимита нанесла урон окружающей среде и федеральному бюджету на сумму 5 млрд руб.
Компания «Русснефть» выступила с заявлением, опровергающим подсчеты правоохранителей. В нем утверждалось: «Инкриминируемый доход за 2003–2005 годы от превышения объема добычи ошибочно рассчитан как объем превышения фактической добычи над проектной, умноженный на сегодняшнюю мировую цену нефти, без учета налогов, составивших 49 % суммы выручки, и производственных расходов – 43 %. По итогам проверки с учетом цен реализации того периода реально полученный доход произвольно увеличен в 28 раз». Кроме того, АНГГ в 2005 году (к этому году относились вмененные руководству предприятия нарушения) не входила в холдинг «Русснефть».
1 декабря 2006 года по итогам выездной проверки межрегиональная инспекция ФНС по крупнейшим налогоплательщикам № 1 начислила компании господина Гуцериева около 14,5 млрд руб. налогов и пеней, а также свыше 2,6 млрд руб. штрафов. Компания оспорила в арбитражном суде и эту претензию, но факт давления на «Русснефть» был налицо.
Поначалу эксперты были несколько удивлены происходящим: «Русснефть» не была спорным активом, и делить ее было