Po niespełna półtora wieku, bo w 509 r., cesarz Anastazjusz I polecił oczyścić obszar portu z mułu i wybudować falochron14, co być może wpisywało się w jakiś szerszy projekt renowacji konstantynopolitańskich nabrzeży portowych15. Ponownie port Juliana i jego najbliższe sąsiedztwo stały się przedmiotem zakrojonych na szerszą skalę działań remontowych i budowlanych za panowania cesarza Justyna II (565–578), choć prawdopodobniej pierwsze kroki w tym zakresie zostały poczynione jeszcze w końcu rządów Justyniana16. Impulsem do podjęcia prac był w pewnym stopniu pożar z roku 561, który spustoszył okolice portu17.
Port za Justyna II został pogłębiony i powiększony. Zmieniona została wówczas jego nazwa. Na cześć cesarskiej małżonki nazwano go portem Zofii (limé tés Sofías, limé tón Sofión)18. W pobliżu portu znajdował się pałac, noszący również imię Zofii, w którym cesarska para mieszkała jeszcze przed objęciem władzy. Być może pewien sentyment do tego miejsca, poza innymi względami, skłonił Justyna do renowacji portu Juliana. Zachowała się anegdotyczna opowieść o tym, jak to właśnie cesarzowa miała nakłonić Justyna do podjęcia prac na terenie portu. Przebywając któregoś dnia na tarasie swojego pałacu, miała zobaczyć jak statki miotane są przez morze. Poruszona tym widokiem miała udać się do Justyna i błagać go, by dał jej pieniądze na wybudowanie portu. Cesarz przychylił się do jej prośby i wyznaczył Narzesa, patrycjusza i prepozyta oraz Trojlosa, protowestiariusza, do wykonania tego zadania. Po tym, jak wywiązali się oni ze swojej misji i wybudowali port, został on nazwany imieniem Zofii, a cesarz polecił na terenie portu wystawić posągi swojej żony, jej siostrzenicy Arabii, swój własny oraz Narzesa19.
Port Juliana / Zofii z pewnością miał przede wszystkim charakter handlowy, ale nie jest wykluczone, że pod koniec VII w. pełnił również funkcje militarne20 i tu stacjonowała przynajmniej część floty wojennej. Trzeba jednak przyznać, że przekaz źródłowy, który wykorzystuje się do potwierdzenia tego poglądu, nie ma zbyt wielkiej mocy. Chodzi o wzmiankę w Chronografii Teofanesa, dotycząca uzurpacji Leoncjusza z 695 r. Według bizantyńskiego chronografa bunt Leoncjusza rozpoczął się na dromonach, które znajdowały się właśnie w porcie Juliana (wówczas już od ponad wieku Zofii)21. Problem w tym, że Teofanes wspomina aż o trzech dromonach, a cała sytuacja sprawia wrażenie wyjątkowej, bowiem Leoncjusz, który niedawno opuścił więzienie i dopiero co został strategiem temu Hellady, miał prawie natychmiast odpłynąć z Konstantynopola. Można podejrzewać, że Justynian II, obawiając się Leoncjusza, polecił odseparować wzmiankowane trzy dromony od innych okrętów wojennych i kazał cumować w porcie, który nie pełnił funkcji bazy floty wojennej.
Wiadomo, że w późniejszych czasie port Juliana / Zofii (tożsamy z portem Kontoskalion – limé toú Kontoskalíou22) funkcje militarne pełnił z pewnością, stając się nawet główną baza bizantyńskiej floty23.
Ostatni wielki port wczesnobizantyńskiej stolicy urządzono ok. 390 r. nad morzem Marmara za panowania Teodozjusza I. Od imienia tego władcy zwany był Portus Theodosiacus24. Powstał on w głęboko wcinającej się w ląd zatoce, u ujścia rzeki Likos. Miejsce to stanowiło naturalny port. Został on powiększony przez wybudowanie biegnącego od strony południowej w kierunku wschód-zachód falochronu25. Był największym portem Konstantynopola. Długość nadbrzeża wynosiła ok. 1,5 km i, jak się szacuje, mogło przy nim cumować jednocześnie blisko dwieście statków26. Szczególnie istotną rolę odgrywał on do połowy VII w., kiedy w wyniku arabskich podbojów Konstantynopol odcięty został od dostaw egipskiego zboża27. Po kryzysie VIII w. port odgrywał pewną rolę w IX–XI w., przyjmując statki mniejszych – niż we wcześniejszych okresach – rozmiarów i będąc schronieniem dla łodzi rybackich28. W XII w. ze względu na zamulenie spowodowane przez Likos przestał spełniać rolę portu29.
Nasza wiedza o porcie Teodozjusza w ostatniej dekadzie stale się wzbogaca, a to ze względu na badania archeologiczne prowadzone od 2004 r. na jego obszarze w ramach projektu Marmaray30.
Wybudowanie portu Teodozjusza zakończyło proces poszerzania przestrzeni portowej. Jak sądzi Cyril Mango, w tym momencie Konstantynopol dysponował nadbrzeżami portowymi długości ok. 4.5 km31, co w pełni zaspokajać miało obsługę statków, potrzebnych do zabezpieczenia dostaw drogą morską produktów potrzebnych mieszkańcom.
Pomimo wybudowania dwóch dużych portów nad brzegami Propontydy, co najmniej do połowy VI w. głównym centrum portowym Konstantynopola pozostawał Złoty Róg32. Uczeni zastanawiali się, kiedy i co zadecydowało o przeniesieniu ciężaru obsługi handlu morskiego do portów nad morzem Marmara. Wydaje się dość prawdopodobne, że nastąpiło to pod koniec rządów Justyniana I. Dysponujemy przekazem źródłowym, wedle którego to cesarz Justynian przeniósł morski handel (ϑαλασσίον ἐμπόρων) z Neorionu do portu Juliana33. P. Magdalino w polemice z Cyrilem Mango przekonująco uzasadnił dlaczego przekazu tego nie można odrzucić i wiązać z Justynianem I, a nie Justynianem II34. Według tego uczonego wydarzeniami, które podały w wątpliwość bezpieczeństwa Złotego Rogu, były najazd Kutrigurów w 559 r., oraz spalenie magazynów portowych w 561 r. w efekcie zamieszek wywołanych przez Błękitnych35. Być może wpływ na decyzję cesarza miało zjawisko przenoszenia się osadnictwa i handlu znad Złotego Rogu, na tereny nad morzem Marmara, co mogło być spowodowane pogorszeniem warunków życia na tym obszarze spowodowanym przez nawiewanie nieprzyjemnych zapachów z rozkładających się ciał ofiar epidemii z 542 r., które pochowane zostały w Sykach36. Trzeba również pamiętać, że epidemia spowodowała znaczne zmniejszenie liczby konstantynopolitańskiej ludności, co z oczywistych powodów szczególnie dotknęło gęsto zamieszkane dzielnice na zapleczu Złotego Rogu.
Decyzja cesarza nie oznaczała, rzecz jasna, że Złoty Róg i jego bezpośrednia okolica przestały odgrywać jakąkolwiek rolę w obsłudze handlu morskiego czy szerzej rzecz ujmując w żegludze, ale z pewnością jego rola zdecydowanie uległa ograniczeniu. Świadczy o tym fakt, że znika ze źródeł port Bosforion37, a Neorion pod koniec VII w., trzeba było oczyszczać z naniesionego mułu. Stało się to za panowania cesarza Leoncjusza38. Jak się sądzi, Neorion pełnić miał odtąd funkcje bazy floty wojennej39. Pośrednio