Нил Армстронг заявлял, что его потеря не сказалась заметно на его работе на авиабазе Эдвардс, но в те месяцы, которые последовали за смертью Карен, он допустил несколько ошибок во время полетов. Дважды во время болезни Карен Армстронг пилотировал ракетоплан Х-15 – его третий и четвертый полеты на этом аппарате из семи общим числом. Оба они прошли блестяще, по крайней мере к мастерству Армстронга ни у кого не было нареканий.
Подготовка к полету на Х-15 требовала большого напряжения от всех его участников, но никто не чувствовал такого груза ответственности, как сам пилот. Кроме того, новый полет Х-15 с Армстронгом в кабине должен был стать первым для изделия номер три. Этот Х-15-3, точнее его новый мощный ракетный двигатель XLR-99, имел неоднозначную репутацию, омраченную взрывом на испытательном стенде в июне 1960 года. Расследование показало, что причиной послужило сочетание обмерзшего регулятора давления и отказавшего перепускного клапана, что вызвало резкий рост давления: в результате центральная секция аммиачного бака Х-15 сорвалась с места и раздробила шар-баллон, где содержалась перекись водорода для системы управления. Никто не имел права летать на Х-15 до того, как все компоненты системы наддува и стравливания давления в топливной системе аппарата были тщательно проанализированы, перепроектированы и повторно испытаны. К тому времени, когда Армстронг сел за управление ракетопланом Х-15-3, его первый полет уже задерживался на шестнадцать месяцев, и цена этой задержки возросла до четырех миллионов долларов.
Зная о том, что двигатель прошел полный цикл всех положенных наземных испытаний, Нил имел все основания полагать, что проблемы с X-15-3 были уже решены.
Перестройка самолета дала возможность компании North American заменить исследовательское оборудование Х-15 на самый новый вариант и оснастить ракетоплан «черным ящиком» МН-96, разработанный в компании Minneapolis-Honeywell для данной программы с помощью Армстронга. Испытание в полете этой новейшей системы управления и стало главной задачей полета Нила в декабре 1961 года.
Запуск назначили на 19 декабря, но подготовка к нему была прервана, потому что «сферический нос» Х-15 не передавал верные данные, и полет отложили на следующий день. Тогда он и состоялся, но не без проблем.