Главой полка был полковник. Его выбирали казаки полка или назначал гетман. Полковник осуществлял военную, административную и судебную власть. Основным исполнительным органом были полковые канцелярии, куда входили полковые старшины: обозный, два есаула, судья, писарь, хорунжий. Эти чины были выборными. Вспомогательным органом власти был полковой совет казаков и старшин. Сотнями управляли сотники, которых выбирали казаки или назначал полковник. При сотниках существовала сотенная старшина: писарь, хорунжий, обозный, есаул. Существовал также сотенный совет. Судебную власть осуществляли полковые и сотенные суды.
В поселках и селах казаки входили в курень, который выбирал атамана, а селяне и мещане выбирали войта. Атаманы и войты представляли низшее звено войсковой администрации. В городах, как полковых, так и сотенных, был выборный городской атаман. Одновременно существовало и городское самоуправление – магистраты и ратуши, состоявшие из выборных от городского населения.
В конце XVII века на Левобережной Гетманщине было около 2 тыс. населенных пунктов, в которых проживало порядка 1,5 млн человек. Города с Магдебургским правом сохраняли свои права и возглавлялись войтами. В состав городского управления входили бурмистры, райцы и лавники. Другие города и поселки, имевшие самоуправление, назывались ратушными; в то же время в них власть имели казацкие старшины, которым подчинялись казаки.
Резиденцией гетмана (и тем самым столицей Гетманщины) был сначала город Чигирин (1649–1669), затем Батурин (1669–1708) и наконец Глухов (1708–1764).
Основную массу населения составляли крестьяне. Хотя они и были лично свободными, но постепенно оказывались в зависимости от старшины. Гетман Мазепа ввел для крестьян двухдневную барщину. Со временем барщина стала трехдневной. К концу существования Гетманщины свободных сел оставалось около 10 %. Остальные населенные пункты со всеми жителями становились зависимыми от старшинских семейств. Крестьяне сопротивлялись закрепощению. Это нашло отражение в побегах в Запорожье и Слобожанщину. В 1761 году гетман Кирилл Разумовский запретил переходить крестьянам на новое место в самой Гетманщине без предъявления особого документа от старого владельца. Так медленно,