В 1885 г. Гидрографический департамент был преобразован в Главное гидрографическое управление. Начальником его стал бывший директор маяков и лоции Балтийского моря вице-адмирал Роман Иванович Баженов, который одновременно являлся и председателем Морского учёного комитета. В 1886 г. в управлении была учреждена метеорологическая часть. В 1891 г. чертёжная, гравёрная, литография и печатная были объединены в картографическую часть.
В 1887 году экспедиция «Съемка Белого моря» была возобновлена под названием «Отдельная съемка Белого моря» (фонд 36 РГА ВМФ), которая состояла из двух гидрографических партий под общим руководством капитан-лейтенанта Эдуарда Владимировича Майделя (выпускника Морской академии 1863 года). В 1891 г. руководство «Отдельной съемкой Белого моря» принял подполковник Михаил Ефимович Жданко (выпускник Морского корпуса 1879 года), в 1905—1908 году – полковник Федор Кириллович Дриженко (выпускник Морского корпуса 1877 года). В 1908 году Съемку возглавил известный гидрограф полковник Иван Сергеевич Сергеев (в 1881 году окончил Техническое училище Морского ведомства в Кронштадте), будущий начальник Гидрографической экспедиции Северного Ледовитого океана (ГЭСЛО). Важным событием в изучении Белого моря явилась установка в 1909 г. на острове Попова (Кемский рейд) первого мареографа, что позволило с 1911 года издавать «Ежегодник приливов Белого моря».
В 1878, 1887—1890, 1893 и 1894 гг., а затем ежегодно И. Виггинс, действуя по поручению Английской морской экспедиции Фр. Л. Попхэма, а затем Англо-Сибирского синдиката, проводил караваны английских торговых судов к реке Енисей. При этом англичане пользовались русскими картами и услугами местных лоцманов-проводников.
В 1894 г. Главным гидрографическим управлением была учреждена Гидрографическая экспедиция для изучения устьев рек Обь и Енисей и части Карского моря. Командовал экспедицией капитан 2 ранга Леонид Федорович Добротворский (выпускник Морского корпуса 1878 года). За 1894—96 гг. с борта парохода «Лейтенант Овцын» и парусной баржи «Лейтенант Скуратов» под руководством гидрографа подполковника Андрея Ипполитовича Вилькицкого (выпускник Морского корпуса 1877 года) экспедиция обследовала с высокой астрономической точностью и нанесла на карту острова Вилькицкого, Сибирякова и полуостров Явай. В экспедиции впервые проводились также магнитные, метеорологические, гравитационные и океанографические наблюдения.
А. И. Вилькицкий
Окончил Морской корпус в 1877 году (вместе с Ю. М. Шокальским). В 1880 году окончил Гидрографическое отделение Николаевской морской академии при Морском корпусе. В 1887 году был командирован во главе Арктической гидрографической экспедиции в Хайпудырскую губу и на архипелаг