Над главным входом монастыря в 1693-99 г.г. в стиле строгановского барокко построена надвратная церковь Иоанна Предтечи. Углы красного здания с аркой входа внизу и четвериком с рядом восьмигранных окон обрамлены белыми колоннами, карниз отделяет пояс с парой полукруглых закомар с отделкой в виде раковин, над которым возвышаются 5 куполов на восьмигранных барабанах с белыми полуколоннами. Минимум украшений отличает стиль церкви от более пышного московского барокко.
Напротив Трапезной находятся царские чертоги, предназначавшиеся для царя во время его приездов в монастырь. Здание дворца выделяется своим декоративным убранством окон с сандриками, нарядными пилястрами и алмазным рустом. Не отстают от него и Митрополичьи покои брусничного цвета с белыми лепными наличниками. Треугольный фронтон дворца фланкирован пилястрами, поверхность которых украшена фестонами. Под фронтоном помещен картуш с монограммой построившего дворец патриарха, а на центральный балкон выходит полукруглое окно с фигурным замковым камнем.
Главной доминантой монастыря является построенная в 18 в. голубая пятиярусная колокольня, составленная из ряда уменьшающихся кверху четвериков, декорированных пилястрами, коринфскими и спаренными колоннами.
Еще один подмосковный Ново-Иерусалимский монастырь был основан в 17 в. патриархом Никоном, его план должен был повторять план Иерусалима, а главный собор является копией храма Гроба Господня. Монастырь был призван укрепить авторитет патриарха, проводившего церковную реформу, поэтому за монастырем расположен Гефсиманский сад, где, по легенде, молился Христос в ночь ареста.
Монастырь окружен крепостной стеной с бойницами, соединяющей 8 башен. Восьмигранные башни завершаются шатром, который венчает еще один маленький восьмигранник с шатром. К каждой башне пристроена небольшая круглая башня с конической крышей.
Вход в монастырь лежит через пятиярусную надвратную церковь в стиле московского барокко, составленную из восьмериков, покоящихся на четверике основания. Монастырские стены скрывают больничные палаты, трапезную с церковью и архиерейские палаты с внешней лестницей парадного крыльца, марш которой поднимается параллельно стене здания.
Главный собор монастыря, Воскресенский, построен наподобие иерусалимского