Деятельность В.Н. в области морфологии в московский период его жизни, несмотря на обилие работы по маляриологи, экспедиции, служебные и общественные обязанности, непрерывно продолжалась. С 1934 г. он состоял профессором Московского университета, где в течение ряда лет читал курс сравнительной анатомии беспозвоночных. В него он вложил обширные знания в этой области, накопленные им со студенческих лет, в результате постоянных размышлений о принципах этой науки, равно как и о частных ее проблемах. В основном содержание этого курса сложилось у В.Н. ещё в Перми. Но в Москве перед началом второй мировой войны в результате упорной многолетней работы им был закончен огромный труд по составлению рукописи книги, которая вышла в 1944 г. под названием «Основы сравнительной анатомии беспозвоночных». После ее выхода В.Н. продолжал работу над ней. В 1952 г. вышло 2-е издание, значительно дополненное не только новыми фактами, но и новыми теоретическими главами, каждая из которых является оригинальным научным исследованием. После этого работа по улучшению книги продолжалась для польского (1958) и немецкого (1958–1960) изданий. Уже поднимался вопрос о переводе этой книги на французский и английский языки.
Появление этой книги В.Н. Беклемишева – событие в науке, значение которого сейчас ещё вряд ли кто-нибудь сможет оценить надлежащим образом, так как для полного освоения его нужен труд, может быть, не одного поколения учёных. Эта книга относится к типу сочинений, в которых новыми являются не взгляды автора на те или иные отдельные вопросы или части данной науки, а в котором вся наука в целом, столетия существовавшая до этого, подаётся в новом аспекте. Отсюда понятно, как трудно характеризовать эту книгу в нескольких строках (что сделать только и позволяют рамки составляемого очерка). Несмотря на всеобщее признание эволюционной теории и единства всего живого, сочинений по сравнительной анатомии, охватывающих все группы животных, вовсе не существовало, пожалуй, со времён выхода «Генеральной морфологии» Э. Геккеля (1866). Курсы сравнительной анатомии истекшего столетия рассматривали либо ряды форм в пределах отдельных типов животных (позвоночных, моллюсков, иглокожих и т. д.), либо проводили сквозное рассмотрение отдельных систем органов во всех группах Mеtazoa. В первом случае задача поисков единства в многообразии всего животного мира вовсе не ставилась, во втором – дело обычно не шло дальше последовательного описания строения данной системы органов во всех группах животных, причём либо оказывалось, что никаких широких обобщений сделать невозможно (как, например, после обозрения всех скелетов животных от простейших до насекомых и позвоночных), либо, если эти обобщения и делались, то проблема сопоставления животных друг с другом этим не сдвигалась, поскольку эти обобщения касались лишь отдельных органов. В.Н. Беклемишев же, положив в основу забытые принципы симметрии плана строения, создал удивительную по стройности