Однако эти вопросы вскоре были заслонены другими экологическими вопросами, а именно: изучением животных сообществ поймы р. Камы и условий обитания личинок малярийного комара. Первая из этих проблем разрабатывалась большим количеством молодых работников Камской Биостанции и Университета под руководством В.Н. Беклемишева в течение ряда лет (1924–1932) и продолжалась ещё долгое время после переезда В.Н. в Москву. В результате этих исследований были выработаны методика количественных сборов наземной фауны и принципы учёта населения путём вычисления ряда констант (обилие, встречаемость и пр.), вошедшие сейчас в общее употребление, получены обширные фактические данные, осветившие по-новому ряд вопросов гидробиологии и экологии наземных сообществ беспозвоночных; очень много сделано в области почвенной зоологии, сейчас представляющей особую дисциплину со специальными журналами, съездами и пр., но тогда ещё вовсе не существовавшей. В работах по изучению Камской поймы сложились и общеэкологические воззрения В.Н., о которых речь будет ниже.
К работам по малярии В.Н. был привлечён в 1924 г. проф. В.М. Здравомысловым, заведовавшим тогда Пермским бактериологическим институтом. Работы по экологии личинок малярийного комара, начатые В.Н. Беклемишевым в этом институте сначала в очень скромном масштабе, вскоре обратили на себя внимание всех активных участников борьбы с малярией, которая была тогда одним из важнейших участков фронта здравоохранения. В результате в1932 г. руководство Института малярии, медицинской паразитологии и тропической медицины в Москве пригласило его заведовать Отделом медицинской энтомологии в этом институте, что и определило в дальнейшем основное направление деятельности В.Н. до конца жизни.
Переезд в Москву на новую должность состоялся в 1932 г. Экологическая направленность интересов В.Н., уже приобретённый им опыт в полевой работе, в соединении со всесторонней теоретической подготовкой, необыкновенной гибкостью ума, позволявшей очень быстро ориентироваться по-хозяйски в совершенно новых для него областях знания, энергия и незаурядные организаторские способности обеспечили успешное развёртывание работ по всестороннему изучению малярийного комара на очень высоком научном уровне, что было совершенно необходимо для успеха борьбы с ним. В