25 ноября 1986 года президент США Рональд Рейган вынужден был объявить о создании комиссии для расследования обстоятельств дела «Иран-контрас». 1 декабря 1986 года под руководством сенатора Джона Тауэра начала работу комиссия, впоследствии получившая название Комиссия Тауэра.
В ходе расследования были получены сведения о масштабах американских поставок вооружения контрас. В частности, было установлено, что для финансирования поставок оружия и снаряжения никарагуанским контрреволюционерам в 1983 году в швейцарских банках были открыты счета, через которые, по неполным данным Комиссии Тауэра, государственные служащие Джоэл Паттерсон и Уильям Голден перечислили контрас свыше 3 млн долларов.
В памятной записке, направленной участником операции, отставным генералом Джоном Синглаубом директору ЦРУ Уильяму Кейси в июле 1986 года, сообщалось, что для переброски контрас подготовлена партия оружия в количестве 10 тыс. автоматов АКМ, 200 гранатометов РПГ-7, 60 шт. 12, 7-мм пулеметов, 200 шт. 60-мм минометов, 50 шт. 82-мм минометов и 50 зенитно-ракетных комплексов «с соответствующим количеством боеприпасов».
Также было начато расследование по делу заключенного Оливером Нортом соглашения с корпорацией Short Brothers о поставке 30 переносных зенитно-ракетных комплексов Blowpipe и 150 ракет к ним, которые должны были быть отправлены из Англии в Чили и в дальнейшем переданы контрас.
В ходе расследования по делу «Иран-контрас» тогдашний посол США в Коста-Рике Льюис Тамбс, который ранее был послом в Колумбии, дал показания, согласно которым деятельность контрас в Коста-Рике координировал Алан Фиерс – кадровый сотрудник ЦРУ с 20-летним стажем и опытом проведения «специальных операций». Он работал под именем Клифф.
В ходе расследования был установлен факт использования ЦРУ США сотрудников британской частной военной компании KMC, Ltd. в войне против сандинистского правительства Никарагуа. За поиск и вербовку пилотов для самолетов, осуществлявших снабжение контрас на территории Никарагуа, компания получила от ЦРУ США 110 тыс. долларов. Кстати сказать, не такую уж большую сумму.
Параллельно с расследованием Комиссии Тауэра по делу «Иран-контрас» проводились независимые расследования, результаты которых публиковались в СМИ. Так, журналисты американской газеты Miami Herald установили, что личный состав подразделения ВВС США Оперативной группы 160 из состава 16-й вертолетной эскадрильи сил специальных операций ВВС США (16th Special Operations Squadron) участвовал в выполнении как минимум восьми операций на территории Никарагуа и по меньшей мере дважды открывал огонь по подразделениям Сандинистской народной армии. А корреспонденты газетного