Непосредственное правление гиксосские фараоны осуществляли только на севере. На юге, в Фивах, во все время их владычества царствовала своя собственная XVII династия (1650–1552 гг. до Р.Х.), иногда подчинявшаяся гиксосам, а иногда воевавшая с ними.(Еще южнее, возможно в Куше, в 1650–1540 гг. правила загадочная, XVI династия, как можно предположить, имевшая гиксосское происхождение). Среди потомков Шалика наиболее могущественными фараонами были Хиан (1612–1592 гг. до Р.Х.) и Апопи I (1592-? гг. до Р.Х.). Их владения простирались от первых нильских порогов на юге, до Евфрата на севере и включали в себя кроме Египта Сирию и Палестину. Приемники Апопи I не сумели сохранить это влияние. При Апопи II (?-1551 гг. до Р.Х.) гиксосам пришлось иметь дело с возросшим могуществом фиванских фараонов. Ок. 1552 г. до Р.Х. фиванцы взяли столицу гиксосов Авар и изгнали захватчиков из Египта.
Судя по бедным памятникам XVII в. до Р.Х., фиванские правители поначалу влачили весьма жалкое существование. Но постепенно силы их окрепли, и в первой половине XVI в. до Р.Х. они смогли возглавить национальную борьбу египтян против захватчиков. Война началась при фараоне Секненре-Таа II (1573–1558 гг. до Р.Х.), который выступил против гикосского фараона Апопи II, но потерпел поражение и сам погиб в бою. Его сын Камос (1558–1552 гг. до Р.Х.) тем не менее решил продолжать борьбу. Как следует из царской надписи в храме Амона, фараон созвал сановников и объявил, что не в состоянии дальше делить власть над Египтом с гиксосами и намерен освободить страну от иноземного ига. Однако вельможи отклонили царский призыв к войне с севером. Не встретив поддержки со стороны сановников Камос наперекор им «по приказу» бога Фив Амона все-таки выступил против поработителей, и успех за успехом вел его начинания. Прежде всего он разгромил союзника гиксосского царя князя Тети. Потом нанес поражение самим гиксосам. Их фараон Апопи II отступил в свою столицу Авар. Египтяне начали осаду города, не смогли его захватить, но зато предали разгрому все его окрестности. Вообще, Камос предстает перед нами в своих надписях безжалостным мстителем: он приказывает смести с лица земли дружественные азиатам города и страшно опустошает среднюю часть страны.