Брест-Литовск вместе с другими белорусскими городами вошел в состав Российской империи и вновь оказался на границе. За Бугом теперь лежали австрийские земли. Год спустя Брест стал уездным городом Слонимской, затем Литовской и Гродненской губернии.
Инкорпорация белорусско-литовских земель в состав чужого государства происходила болезненно. Например, распущенное войско Великого княжества Литовского (18 тысяч человек) Екатерина II от греха подальше велела сослать в Екатеринославль на вечное поселение. Всего в далекие российские губернии было выслано около 50 тысяч семей. «Освобожденных» от польского гнета крестьян делили имперские рабовладельцы. Только за 1772–1800 гг. в собственность русским помещикам было роздано 208 505 «душ мужеского пола». Недовольство новыми порядками высказывали администрация и жители городов, утратившие самоуправление. Непосильным бременем для белорусских губерний стали налоги, которые собирали не ассигнациями, как на остальной территории империи, а золотыми и серебряными монетами, что было в четыре-пять раз дороже. Вводились рекрутские наборы, которых раньше здесь не знали. Притеснялась униатская церковь, к которой принадлежало до 70 процентов населения. Это ломало привычный уклад жизни, обостряло ситуацию, создавало почву для сопротивления. Польское дворянство мечтало о возрождении Речи Посполитой. Большие надежды возлагались на императора Наполеона. Разгромив Пруссию, из части захваченных ею польских земель он создал в 1807 г. Великое герцогство Варшавское, которое стало верным союзником Франции. Брестские чиновники польского происхождения поставляли сведения французской разведке, шляхетская молодежь переходила границу, чтобы записаться в победоносные наполеоновские войска. Наполеон заигрывал со шляхтой и раздавал обещания «устроить Польшу». Под эти авансы племянник последнего короля Речи Посполитой Юзеф Понятовский сформировал 100-тысячную польскую армию для участия в походе на Россию.
С началом Отечественной войны 1812 г. Брест-Литовск в очередной раз стал ареной военных действий. 22 июня в город вошел австрийский корпус генерала Шварценберга, однако 3 июля он был выбит передовыми дивизиями 3-й армии генерала А.П. Тормасова. На помощь австрийцам прибыл саксонский корпус генерала Жана Луи Ренье, и русские войска после жестокого сражения под Городечно 31 июля отступили к Луцку. В начале сентября армия А.П. Тормасова соединилась на Волыни с Дунайской армией адмирала П.В. Чичагова. Получив численное преимущество, русские войска перешли в наступление и, оттеснив противника за Западный Буг, 29 сентября заняли Брест-Литовск. Адмирал Чичагов пробыл здесь 15 дней и двинул армию на Слоним. В городе осталась войсковая группа под командованием