Городской герб на печати 1592–1651 гг.
В мирное время «штатный гарнизон» состоял из 12 сторожей и 12 наблюдателей-«кликунов». Защита города и замка возлагалась на мещан и жителей волости. В случае необходимости присылали дополнительный воинский контингент. Так, во время Ливонской войны в июле 1566 г. здесь находился кавалерийский отряд в составе 600 человек. Горожане, входившие в цеховые военные объединения, согласно уставам своих цехов обязаны были иметь «супольную армату…бубен и хоругву… для обороны места». Каждый полк со своим оружием непременно принимал участие в военных смотрах.
В 1569 г. после подписания Люблинской унии город вошел в состав Речи Посполитой, объединившей Польшу и Великое княжество Литовское, и был переименован в Брест-Литовск. В октябре 1596 г. в Бресте состоялся собор, утвердивший объединение (унию) католической и православной церквей под эгидой Ватикана. Это было время расцвета польско-литовского государства. За сто лет мирной жизни население города увеличилось вдвое и к середине XVII в. превышало 10 тысяч человек. Затем времена изменились.
Осенью 1648 г. Брест-Литовск разграбили и сровняли с полем посланные Богданом Хмельницким в «белорусский» рейд украинские казаки. По словам московского посла Егора Кунакова, в Бресте «поляков и жидов, жен их и детей побили без счета, и хоромы и стены каменные разломали и раскидали». Остальное уничтожили «освободившие» город королевские наемные рейтары.
Брест вновь поднимался из пепла и вновь оказывался на пути завоевателей.
В 1654 г. варшавский сейм принял специальную декларацию о срочном восстановлении брестских укреплений. Деревянные стены замка планировалось заменить пятью оборонительными сооружениями бастионного типа. Горожане были освобождены от общественных налогов, деньги шли с Брестской королевской экономии. Отсюда же набирали людей для фортификационных работ. К строительству привлекались все жители без исключения, включая духовенство. Руководил работами присланный королем инженер, однако дело двигалось медленно и так и не было доведено до конца ввиду последовавшей череды нашествий, которые в польской истории получили название «Потоп».
В ходе русско-польской войны 1654–1667 гг. и развязанной Швецией войны против Речи Посполитой и России Брест-Литовск неоднократно оказывался в полосе военных действий. Спор славян между собою отличался особой жестокостью. Московитами война велась в первую очередь за территории и материальные ценности, население уничтожалось практически поголовно. Указ тишайшего «московского царя православного» Алексея Михайловича прямо требовал: «Унии не быть, латинству