Каждый год из Севильи и Кадиса отправлялся флот, чтобы пересечь Атлантику. Достигнув Карибского моря, он разделялся.
Флот Новой Испании (Nuevo Espania Flota) имел конечной целью Мексику, проплывая мимо Антильских островов и Гондураса. Обычно корабли достигали порта Веракруз спустя два-три месяца после отплытия из Севильи. Они прибывали на место только в апреле, чтобы иметь возможность собрать сокровища, добываемые на копях в Мексике. Обратно отправлялись приблизительно в феврале следующего года, поскольку с сентября по январь в Карибском море наступает сезон ураганов, делающий навигацию в Мексиканском заливе практически невозможной, и останавливались в Гаване, где ждали прибытие второго флота.
Флот Материка (Tierra Firme Flotta) (после 1648 года назывался Los Galeones) достигал Портобелло обычно в августе, его главной задачей был сбор сокровищ с копей Перу и Чили, которые доставляли в Панаму. Первоначально портом, куда он следовал, был Номбре-де-Диос, однако он был крайне неудобен, поэтому с 1596 года галеоны следовали к Портобелло, который был лучше защищен и имел более просторную бухту, а затем в Картахену, где ожидал начала января, чтобы отправиться в Гавану, где соединялся с флотом Новой Испании.
Затем Объединённому флоту (более известному как Серебряный или Золотой флот, из-за характера его груза) предстояло совместное путешествие в Испанию через Багамский пролив, используя попутные ветры и Гольфстрим. Объединённый флот проходил вдоль американского побережья, затем огибал Бермудские острова и после этого двигался в строну Испании.
Система, созданная испанцами, не отличалась особой оригинальностью. Плохая погода, противные ветры или плохая навигация, опасность пиратов или какие-либо другие напасти постоянно заставляли испанский флот, посланный из метрополии, задерживаться в пути. Как только часть флота Материка прибывала в Картахену, на территории нынешней Колумбии, во все испанские поселения тихоокеанского побережья немедленно рассылались гонцы с вестью о необходимости сбора тех ценностей, которые скопились в Арике, Антофагосте, Кокимбо и Вальпараисо. Всё золото и серебро, добытое на копях Чили и Перу, доставляли в Лиму, откуда переправляли в Кальяо, где уже стояли галеоны Флота Южного моря, готовые доставить сокровища в Панаму.
Перевозка занимала обычно три недели. В Панаме, тяжелогружёные мешки и сундуки, наполненные серебряными слитками и золотыми монетами, перегружали на мулов и тайными тропами доставляли с Тихоокеанского на Атлантическое побережье. Многочисленный и хорошо вооружённый конвой затрачивал примерно 22 дня на пересечение Дарьенского перешейка
В конце XVI века в Серебряный флот входило до 60 военных и торговых кораблей. Флот Новой Испании имел, по крайней мере, два тяжело вооруженных галеона, а флот Материка, по крайней мере, шесть, поскольку нёс основную часть