В целях улучшения работы Тыла ВМФ в мае 1942 г. Главное управление портов было переименовано в Главное управление тыла ВМФ. Начальником Главного управления тыла – заместителем народного комиссара ВМФ был назначен генерал-полковник береговой службы С.И. Воробьев. В начале войны в систему Наркомата ВМФ была передана Экспедиция подводных работ особого назначения (ЭПРОН). В связи с этим было создано Аварийно-спасательное управление ВМФ, а на всех флотах и флотилиях – аварийно-спасательная служба. Сокращение объема капитального строительства в системе ВМФ позволило объединить Инженерное и Строительное управления в одно. Развитие морской авиации потребовало усиления тыла военно-воздушных сил флотов. Поэтому в составе Главного управления ВВС ВМФ было создано Управление тыла. В дальнейшем из него было выделено Управление аэродромной службы.
Структура органов управления тылом флота, флотилии и военно-морской базы в ходе войны существенным изменениям не подверглась. В некоторых флотах были созданы заготовительный, сельскохозяйственный и трофейный отделы. Начальнику тыла флота был подчинен ветеринарный отдел, а первый и второй отделы Управления тыла флота были объединены в организационно-плановый отдел. Одновременно с этим отделы плавсредств и гаваней, автотракторный, труда и кадров были изъяты из подчинения командира главного военного порта и непосредственно подчинены начальнику тыла флота. Аналогичные изменения были произведены в военно-морских базах. Кроме того, была введена должность заместителя начальника тыла флота по вооружению и судоремонту, которому подчинялись отделы вооружения и технический.
Сложность оперативной обстановки на Балтийском и Черном морях вызвала необходимость создания новых органов управления тылом, тыловых частей и учреждений, выполнявших, по существу, роль флотских тыловых баз. Например, в составе тыла Краснознаменного Балтийского флота (начальник тыла флота генерал-полковник М.И. Москаленко) было создано управление заместителя начальника тыла флота по воинским перевозкам через Ладожское озеро. Это управление с необходимыми силами и средствами размещалось на восточном берегу и решало такие задачи, как получение снабженческих грузов для сил