Начало войны не застало наши флоты врасплох. Несмотря на то что многие военно-морские базы подверглись ударам вражеской авиации в первые же часы, флоты не потеряли ни одного боевого корабля или самолета. Важную роль сыграли мероприятия по повышению боевой готовности сил флотов и их тыла, проведенные по указанию народного комиссара и Главного штаба ВМФ 19-21 июня 1941 г. Эти мероприятия непосредственно коснулись и организации тылового обеспечения. По оперативной готовности № 2, которая была введена на флотах 19 июня 1941 г., боевые корабли приняли все необходимые запасы материальных средств. С началом мобилизации дополнительный прием запасов был проведен в минимальных количествах. Это обеспечило не только быструю подготовку к боевому походу, но и немедленное применение оружия против противника. Так, во время первого внезапного налета немецко-фашистской авиации на Севастополь многие корабли своевременно открыли сильный зенитный огонь. Кроме того, поддержание на кораблях необходимого уровня запасов позволило уменьшить объем работ по подаче материальных средств с переходом в полную готовность и дало возможность тылу флота уделить больше внимания решению задач, связанных с обеспечением вновь формируемых частей по мобилизационному плану.
Боевая деятельность советского флота и работа его тыла проходили в очень тяжелых условиях. Сложившаяся оперативно-стратегическая обстановка в первом периоде войны потребовала совместных действий сухопутных войск и флота в таких масштабах, которые далеко выходили за рамки предвоенной теории об оперативно-стратегическом использовании ВМФ. Вынужденное отступление советских войск под натиском превосходящих сил противника привело к потере ряда военно-морских баз, портов и аэродромов с их складами, производственными предприятиями и частично запасами материальных средств. В результате на Балтийском и Черном морях была нарушена система базирования. Почти все военно-морские базы флотов оказались в зоне активных боевых действий или воздействия авиации противника. Ожесточенные воздушные бомбардировки вызывали значительные потери материальных средств, разрушения и повреждения предприятий, складов, служебного и жилого фонда, дорог, причалов, потери вспомогательных судов и транспортов. Выход из строя базовых объектов тыла ограничивал работу транспорта, предприятий и складов. Нарушение работы коммуникаций ограничило возможности подвоза материальных средств из центральных складов на флоты, а также маневра ими между базами. В связи с временной