Только в 1708 году в связи с участием значительной части донского казачества в восстании Кондратия Булавина, Пётр Первый заставил уничтожить жалованную грамоту Ивана Грозного донскому казачеству, подтверждавшую его права и независимый статус, хранившуюся в подлиннике в войсковом соборе в Черкасске и в многочисленных списках в церквях по казачьим городкам, ежегодно торжественно выносимую и зачитываемую перед казаками на праздник Покрова Богородицы. Таким образом, формально, донское казачество было лишено независимости. Все православные церкви войска Донского официально вошли в состав Воронежской епархии, но, несмотря на это, донские казаки ещё достаточно долгое время продолжали исповедовать старообрядчество.
В 1718 году донцы лишились права самостоятельно назначать войсковых атаманов. В 1723 году войсковой круг, собравшись в последний раз, избрал атаманом известного героя шведской войны и персидского похода Ивана Матвеева, но Пётр Первый его, как находившегося под судом «за взятие у украинских жителей вещей и денег», не утвердил, а повелел быть атаманом впредь до указу старшине Андрею Лопатину. Следовательно, 1723 год нужно считать последним годом, когда у войска Донского было отнято его исконное право избирать в своём кругу войсковых атаманов. С этого года атаманы стали назначаться царской властью.
Донские казаки в XVIII веке
Запорожские казаки. В конце XV века возникает Запорожская Сечь, во второй половине XVI века – общины терских казаков и служилое сибирское казачество. Польское правительство во второй половине XVI века, пытаясь использовать верхушку украинского казачества в своих интересах, создало категорию реестровых казаков, состоящих на жаловании, а остальных стремилось перевести в податные сословия и закрепостить. Однако быстро возраставшее украинское казачество, не смирилось с этим и в конце XVI – первой половине XVII веках, и особенно в освободительной войне украинского народа 1648—1654 годов под предводительством Богдана Хмельницкого составило ведущую силу народных восстаний на Украине против польского господства. Северин Наливайко, Иван Сулима, Карпо Павлюк, Иван Гонта – лидеры борьбы запорожского казачества против гнёта католической Польши были казнены поляками, тысячи казаков были заживо сожжены, повешены, посажены на кол. Но, несмотря на это, казачьи полководцы Богдан Хмельницкий, Максим Кривонос, Иван Богун, Иван Золотаренко и другие прославили казачество и привели его к победе над поляками, воссоединили Юго-Западную Русь с Великороссией.
В середине XVII века на территории восставшей части Украины, отошедшей к России, образовалось Слободское казачество. Слободские казацкие полки являлись военно-территориальными казачьими формированиями сначала Русского царства, а затем Российской империи на территории Слободской Украины (Слобожанщины) в XVII—XVIII веках. Основных полков было пять: Харьковский слободской казацкий