21 мая 1883 года Чернов защитил докторскую диссертацию «О всасывании жира взрослыми и детьми во время лихорадочных заболеваний и вне их». С 1883 года служил в Общине сестёр милосердия святого Георгия в Можайском районе Санкт-Петербурга, в 1885 году Императорской военно-хирургической академией признан приват-доцентом по детским болезням.
В 1886 году был определён исполняющим должность главного врача детской больницы святой Ольги Императорского человеколюбивого общества в Москве. Кроме того был утверждён в должности попечителя Усачёвско-Черняевского женского училища. (Историческое здание училища на Зубовской улице, 14, одно из самых старых строений на Девичьем поле).
В 1887 году В.Е. Чернов переехал в Москву, где был назначен главным врачом больницы святой Ольги, и вскоре стал приват-доцентом Московского университета, где начал преподавать учение о детских болезнях. В 1889 году Чернова назначили экстраординарным профессором на кафедру детских болезней Университета святого Владимира в Киеве.
Чернов активно участвовал в организации медицинского дела в стране. Он был участником Четвёртого съезда Общества русских врачей в Москве, бактериологического съезда в Пятигорске в 1903 году, Первого международного гигиенического конгресса в Нюрнберге в 1904 году. С 1892 года он был директором Киевского Мариинского детского приюта, за заботливость «о благоустройстве и обеспеченности» которого в 1893 году удостоился благодарности Государыни Императрицы.
В 1896 году Чернов был назначен директором Киевского Бактериологического института. Кроме того, он был организатором и директором детской клиники при Александровской больнице в Киеве, а также учредителем педагогического совета Медицинского общества при Высших женских курсах, одним из основателей Общества борьбы с заразными болезнями, организатором женских курсов Общества трудовой помощи интеллигентным женщинам, состоял членом Физико-медицинского общества в Киеве.
Чернов был первопроходцем применения антидифтерийной сыворотки А.Д. Павловского в Юго-Западном крае, внёс значительный вклад в формирование и развитие школы киевских педиатров. Он устроил дневной приют для бедного населения в построенном им здании в Киеве на Зверинце, бесплатно отвёл площадь для устройства 2-х классной министерской школы в своём имении в Верхнячке Уманского уезда. Кроме всего прочего, Чернов являлся директором свекло-сахарного завода «Верхнячка».
Политическая деятельность
«Гроза, пронёсшаяся над Россией в 1905 году, и ещё больше та грязь и позор, которые она за собой оставила, заставили Василия Егоровича из мирного учёного стать передовым борцом за русские национальные идеалы», – говорилось в одном из некрологов Чернова.
В 1908 году совместно с Анатолием Савенко Чернов стал организатором и первым