В июне 2006 года в статье «Кремлёвский Чикатило», опубликованной на сайте «Чеченпресс», после случая с поцелуем Путиным в живот маленького мальчика, Литвиненко обвинил Путина в педофилии. По утверждению Александра Вальтеровича, Владимир Владимирович при окончании Высшей школы КГБ в 1984 году якобы был заснят на конспиративной квартире за забавами с мальчиками и потому вместо престижной резидентуры в ФРГ попал в захудалый Дрезден. По одной из версий, именно эта публикация спровоцировала его убийство. Тут необходимо подчеркнуть полную фантастичность сказанного Литвиненко. Если бы КГБ получил информацию о подобных наклонностях своего сотрудника в то время, его не только в заграничную командировку не отправили, пусть даже в непрестижный Дрезден, а немедленно уволили бы из органов госбезопасности с «волчьим билетом». Скорее всего, в Дрезден Путина отправили из-за неидеального в то время знания немецкого языка. Должность в Дрездене предполагала тесные контакты с офицерами «штази», которые обычно хорошо знали русский язык.
Литвиненко неоднократно утверждал, что на него готовится покушение. Так, выступая 17 августа 2006 года на радио «Свобода», он заявил: «Я знаю, что они хотят нас начать убивать, чтобы заткнуть нам рот, они могут и “Вымпел” подключить, “Альфу”, уголовников, кого хотят. Страна, понимаете, скатилась до уголовщины. Те, кто сидят в Кремле и руководят государством, они говорят на блатном жаргоне. Поэтому меня мало волнует, кого они пришлют убивать. Я вам скажу одно – они присылали людей, чтобы нас убивать. Эти люди бегут к нам, они просят у нас деньги в обмен на эту информацию. Если раньше, когда они убивали людей, они прикрывались коммунистической идеологией, то когда страна развалилась в 91 году, они стали заниматься обыкновенным бандитизмом. А сегодня они опустились, после того как началась война в Чечне, они опустились до военных преступлений, они опустились до терроризма. Поэтому я лично особо не переживаю, кого они пришлют. Я вам скажу, если они меня слушают, пусть они знают: я для своей защиты не нанимаю телохранителей, я не прячусь по разным квартирам, как они говорят – бегающий подполковник или убегающий. Я никогда ни от кого не убегал, я легально выехал из России по своему паспорту, живу открыто, все журналисты могут меня найти, знают, где я живу. Так вот, господа, если вы приедете убивать меня лично в Великобританию, то вам это придется сделать открыто». Также Березовский после смерти Литвиненко утверждал, что тот говорил ему, что ФСБ неизбежно должна его убить, в частности потому, что он «прикоснулся» к коррупционным тайнам Путина и его окружения и вместе с испанской полицией занимался вопросом о приобретении Путиным недвижимости в Испании на нелегально нажитые средства.
12 октября 2006 года Литвиненко получил британское