Из истории Москвы известно, что наводнения на Москве-реке бывали нередко (весной, а порой и в летнее время) и приносили большие бедствия городу. Так, в летописи за 1496 г. говорится о лютой морозной зиме, больших снегах и великой паводи. В июле 1518 г. и августе 1566 г. наводнения произошли в результате длительных непрерывных дождей. В XVII в. отмечены три весенних наводнения: в 1607, 1655 гг. (была повреждена стена Кремля, разрушено множество домов) и в 1687 г. (снесено 4 наплавных моста через реку). В XVIII в. упоминается о шести наводнениях: 1702, 1703, 1709, 1778, 1783 и 1788 гг.; в 1783 г. от наводнений пострадали опоры Большого каменного моста. При наводнениях в 1788, 1806, 1828 и 1856 гг. были сделаны отметки на башне Новодевичьего монастыря и стенах некоторых зданий.
Одно из самых больших наводнений на Москве-реке было в 1908 г., во время которого максимальный расход воды составил 2 860 м3/с. Вода в реке поднялась на 8,9 м выше постоянного летнего горизонта, на набережных у Кремля слой ее доходил до 2,3 м. Река и Водоотводный канал слились в одно русло шириной 1,5 км. Было затоплено 16 км2 территории города.
Во время наводнения 1926 г. максимальный расход составил 2 140 м3/с, подъем воды над меженью – 7,3 м. Последнее наводнение было в 1931 г. (подъем воды 6,8 м). Ныне в верхней части бассейна Москвы-реки сооружены Истринское, Можайское, Русское и Озернинское водохранилища, которые регулируют сток. Кроме того, русло реки в черте города местами расширено, резкие изгибы спрямлены, берега укреплены гранитными стенками набережных. В итоге этого наводнения в черте города проходили почти незаметно.
Нередко наводнения возникали на р. Яузе во время весенних паводков и больших летних дождей. Особенно часто и сильно страдали современные Электрозаводская, Большая Семеновская, Бакунинская улицы, Преображенская, Русаковская, Рубцовская, Семеновская набережные. Дополнительной причиной наводнений на р. Яузе служило наличие мостов в виде кирпичных сводчатых труб недостаточного сечения. Большие весенние наводнения наблюдались в 1951 г. (вода у Глебовского моста поднялась на 3,28 м), в 1952 г. (на 2,74 м), в 1955 г. (на 2,04 м), в 1957 г. (на 2,25 м). Взамен старых мостов были построены высокие железобетонные мосты, по берегам – железобетонные стенки (с запасом на 0,5 м над максимальным паводковым горизонтом).
Наиболее часто Москва страдала от наводнений на р. Неглинной после заключения ее в кирпичную трубу (в первой половине XIX в. на участке от устья до Самотечной площади, в 1911 г. – 12 м выше ее). Трубы были рассчитаны на пропуск только 13,7 м3/с воды, и почти ежегодно при больших ливнях она вырывалась из-под земли и затапливала Самотечную и Трубную площади и Неглинную улицу. В 1949 г. вода на Неглинной улице поднялась на 1,2 м. В 1960 г. после сильного ливня Неглинная улица превратилась в бурлящий поток. После ливня 25 июня 1965 г. на перекрестке Неглинной улицы и Рахмановского переулка образовалось озеро; площадь затопления составила 25 га.
Наводнения в Санкт-Петербурге обуславливаются рядом факторов: возникающие на Балтике циклоны с преобладанием западных ветров вызывают нагонную волну и движение ее в направлении устья Невы, где подъем воды усиливается из-за мелководья и сужения Невской губы. Также «вклад» в наводнения