Один из корпусов внутри стен обители представлял с 1718 г. тюрьму, куда до последнего времени ссылались (с 1835 г. только по высочайшему повелению, состоявшемуся после доклада обер-прокурора Святейшего синода) лица, виновные в преступлениях против веры. В подземную тюрьму заключение происходило с конца XVII в., а в «келью молчательную» еще ранее, со времен царя Иоанна Грозного. Осенью 1903 г., по почину военного министра (ныне главнокомандующего сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке в войне с Японией) А.Н. Куропаткина, тюрьма была уничтожена, и теперь на месте ее устраивается больница с церковью для монашествующих и богомольцев.
Среди лиц, заключенных в былые годы в тюрьме, назовем: игумена Троицкой лавры Артемия (в 1554 г.), тамбовского епископа Игнатия (в 1701 г.), кошевого атамана Запорожской Сечи Петра Кольнишевского (с 1776 по 1801 г.), игумена Троицкого Селенгинского монастыря Израиля (в 1834 г.), основателя «Десного братства» капитана артиллерии Ильина (в 1859 г.).
Кроме многочисленных каменных и деревянных часовен, на Соловецком и прилежащих островах (Анзерском, Большом и Малом Муксальмских, Большом и Малом Заячьих и Кондострове) находятся следующие монастырские учреждения: три гостиницы для богомольцев; два дома для годовых богомольцев (вкладчиков и трудников); школа для детей трудников (ежегодно до 150 человек); конный двор; школы – живописная, столярная, прядильная, каменотесная, слесарная, малярная, бондарная, переплетная, портняжная, чеботарная; кузница, чугунолитейная, красильная и кожевенная мастерские; амбары для хлебных припасов; лесопильная водяная мельница и сарай для теса; кирпичный, гончарный, смолокуренный, дубильный и свечной заводы, воскобелильня; баня для мирских рабочих; три купальни для богомольцев на Святом озере (одном из 442, имеющихся на Соловецком острове); при том же Святом озере док, где строятся парусные суда и винтовые пароходы. На выставке Северного края в Ярославле осенью 1903 г. находилась витрина Соловецкого монастыря, останавливавшая внимание посетителей овощами и семенами из соловецких огородов, выращенными под 65° сев. широты, несмотря на самые неблагоприятные условия, благодаря стойкому трудолюбию иноков.
Монастырь получает из казны 1360 руб. 15 коп.
Общежительный устав существует в Соловецком монастыре со времени преп. Зосимы и подтвержден в полной силе указом Святейшего синода от 23 декабря 1765 г. Настоятельство с основания монастыря было игуменское; 2 марта 1651 г. была учреждена архимандрия. Тогда же по указу царя Алексея Михайловича и грамоте митрополита Новгородского Никона дарованы были первому архимандриту Илии и его преемникам и ныне остающиеся за ними преимущества в церковном служении: митра, палица, набедренник, архиерейский жезл с сулком, рипиды, осеняльные сети (дикирий и трикирий), ковер, мантия со скрижалями.
Архимандрит, монахов 147, послушников 77.
В 1920 г. монастырь