Собор 1654 г. обвинил «ревнителей благочестия», которых стали называть раскольниками, позже старообрядцами, в расколе и отлучил их от церкви. Все, бывшие на соборе, своими подписями утвердили это соборное уложение; только коломенский епископ Павел не во всем был согласен и высказал свое особое мнение; несколько лиц разделяло его взгляды, за что и были подвергнуты опале.
Сразу после собора Никон отдал распоряжение Печатному Двору немедленно приступить к исправлению русских богослужебных книг по новым греческим изданиям. 1 апреля 1654 г. начинается печатание нового Служебника, а 25 апреля сдается в печать совершенно новая книга Скрижаль, или свод церковных законов. Эта книга печатается на основе венецианского издания греческого текста 1574 года, экземпляр которого был послан Никону патриархом Паисием.
Таким образом, дело исправления книг было решено. Когда первая часть этой работы была проделана, то для рассмотрения ее Никон созвал в 1656 году новый собор, на котором вместе с русскими святителями присутствовали два патриарха – Антиохийский Макарий и Сербский Гавриил. Собор одобрил новоисправленные книги и повелел по всем церквам вводить их, а старые отбирать и сжигать. На этом же соборе Макарий Антиохийский, Гавриил Сербский и еще никейский митрополит Григорий от имени собора прокляли тех, кто крестится двумя перстами.
К тому времени все главные противники Никона по церковной реформе были или в тюрьме, или в ссылке. Но волнение против никоновской реформы не только не унималось, но разжигалось пуще. Когда патриарх велел служить по новым богослужебным книгам и стал рассылать их – во многих местах поднялся сильный ропот. Некоторые из прежних справщиков, обиженные тем, что их труд признан негодным, возбуждали народ к сопротивлению. Почти вся братия Соловецкого монастыря отказалась служить по новым книгам. Пошли толки и споры не только о сложении перстов при крестном знамении, но стали винить новых справщиков в ереси за то, что в их книгах напечатано Иисус, тогда как надо писать Исус, как в старых; корили Никона за то, что он ввел трегубое (троекратное) аллилуйя, тогда как правильнее держаться прежнего сугубого (двойного); начались препирательства о том, какой крест правильнее – восьмиконечный или четырехконечный. Смута все росла и ширилась по всей Русской земле.
Никон нашел новшества не только в служебных книгах и церковных, но и усмотрел их в иконописи, которое стало отступать от древних византийских образцов; иконописцы явно подражали польским и франкским (западноевропейским) живописцам. Никон, большой ревнитель православной старины, восстал против этих «новых» икон. Он посылал своих людей отбирать иконы нового письма по домам даже у знатных сановников… Один очевидец-грек