Никон не раз в беседах с патриархами Востока и русскими архиереями высказывал мысль, что Священство превыше Царства, и эта мысль по мере его возвышения, по всей видимости, становилось его убеждением.
Трепетали перед Никоном и государевы люди. Его требовательность и непреклонность казались гордым боярам оскорбительными. «Неколи-де такого бесчестья не было, чтобы ныне государь выдал нас митрополитам», – роптали недовольные сановники. Сделавшись вторым «Великим Государем», Никон заставлял даже родовитых бояр стоять перед собою и с покорностью выслушивать его волю, публично обличал их за то или другое, не щадя их имени и чести.
Бояре, кроме очень немногих, не выносили Никона за его независимый и решительный нрав, за вмешательства в государственные дела. При этом Никон не знал никаких компромиссов, он считал себя вправе участвовать в управлении государственным кораблем и, естественно, не допускал никого в церковные дела. На патриарха царю не раз подавали челобитные, где всячески обвиняли Никона в том, что «он возлюбил стоять высоко и ездить широко». Но пока Никона связывала дружба с царем (он называл его «собинный друг», т. е. как бы своим домашним другом, другом царской семьи) никакие обвинения ему были не страшны. Кроме того, царь нуждался в Никоне, как в умном советчике.
Однако постоянные наветы и клевета сделали свое дело: в душу царя вкралось мало-помалу недовольство и недоверие к Никону. Крутой нрав патриарха и резкое отношение к людям были не по душе «тишайшему» царю. Мягкий и податливый Алексей Михайлович был в то же время ревнив к своей власти, он нуждался в совете, но не во вмешательстве в свои дела, а Никон хотел стать таким же «государственным» патриархом, каким был Филарет, а это не нравилось царю.
Как писал С. Зеньковский: «Облик Алексея Михайловича, созданный историками, как мягкого и не очень волевого государя далеко не соответствует действительности. Правда, еще при жизни этого второго царя Романова называли «Тишайшим», но этот спокойный и не любивший крайностей государь в зрелом возрасте стал опытным и умелым тактиком, умевшим без громких слов и внешних эффектов добиваться своих целей. Вполне естественно, что, вступивши в шестнадцатилетнем возрасте на престол, он в течение нескольких лет, пока сам не научился ремеслу правителя, слушался своих близких советников Морозова, Вонифатьева,