Но проблема была в том, что весь авторитет католической церкви, господствующей идеологии христианства препятствовал таким утверждениям. Этого не могло быть согласно существовавшим канонам! А если все-таки было, то оставалась единственная допустимая версия (малые планеты вблизи Солнца), в которой Шейнер, скорее всего, вскоре разочаровался.
Иезуит Шейнер не хотел быть еретиком, да и не был им. Он был последовательным католиком и не мог написать иного! Времена были суровые. Прошло чуть больше 10 лет со времени костра, на котором сожгли великого мыслителя и еретика Джордано Бруно. Оставалось совсем немного до уже упоминавшегося выше знаменитого запрета 1616 года, который католическая церковь наложила на пропаганду идеи Коперника о том, что Солнце находится в центре мира. Возможно, Шейнер в глубине души завидовал светскому ученому Галилею, который работал без особой оглядки на авторитеты и запреты: последние лишь заставляли его работать тщательнее и писать убедительнее. Впрочем, как известно, логичность и убедительность доводов Галилея не спасли его от суда инквизиции.
Цикл исследований солнечных пятен Галилей завершил в 1613 году. Результаты своей работы он опубликовал в книге Istoria e Demonstrzioni intorno alle Macchie Solari («Описания и доказательства, относящиеся к солнечным пятнам»). Здесь были приведены оригинальные зарисовки пятен и опубликованы упоминавшиеся выше исторические письма Марку Вельзеру. По сути дела, работа Галилея была ответом на тексты Шейнера. Галилей был чрезвычайно убедителен: аргументация Шейнера была разгромлена. Факты наблюдений и неопровержимая логика Галилея не оставляли сомнений: пятна – суть детали самого Солнца. При этом Солнце вращается в направлении, противоположном предсказаниям системы Птолемея, с периодом около 28 суток вокруг оси, которая наклонена к плоскости земной орбиты под углом, чуть меньшим 90 градусов (позднее угол был уточнен – около 83 градусов). Шейнер был не только иезуитом, но и ученым, понимавшим язык логики. Он был вынужден признать правоту Галилея.
Увы, дальше произошло то, что иногда бывает в научном (впрочем, и не только научном) мире. В 1623 году Галилей пренебрежительно отозвался о своих оппонентах, пытавшихся опротестовать его приоритет в целом ряде астрономических открытий. В тексте Галилея Шейнер прямо не назывался, но последний воспринял высказывания ученого как прямое оскорбление. Спор Галилея с Шейнером перерос в ссору и многолетнюю личную вражду. Каждый из ученых претендовал на первенство, приоритет на открытие. Как писали в своей классической монографии «Солнечные пятна» известные австралийские гелиофизики Р. Брей и Р. Лоухед, «этот спор привел к тому, что Шейнер стал злейшим врагом Галилея, и, вероятно, в значительной степени содействовал враждебности, с которой иезуиты стали относиться к Галилею». В книге Macchie Solari Галилей впервые заявил