Комиссия выработала четыре варианта организации контрразведывательной службы: 1-й – контрразведывательное отделение (КРО) состоит в непосредственном ведении военного командования, а органы Департамента полиции оказывают содействие и помощь; 2-й – контрразведка возлагается на охранные отделения под руководством ДП МВД; 3-й – КРО одновременно подчиняется и штабу военного округа, и охранному отделению; 4-й – КРО учреждается отдельно от охранных отделений и подчиняется ДП[42]. Было принято решение остановиться на 4-м варианте.
Отдав предпочтение этому проекту, совещание тем самым отступило от принципа, который был положен в основу организации Разведочного отделения в 1903 г., то есть образование органов контрразведки при военном ведомстве. Межведомственное совещание здесь допустило ошибку, и это застопорило на некоторое время создание специальных органов контрразведки России.
К середине 1909 г. предполагалось создать: два контрразведывательных отделения в Петербурге, по одному – в Варшаве, Киеве, Вильно, Иркутске и Владивостоке. Содержание этих отделений должно было обходиться казне в 251 520 руб. в год[43]. Эта сумма, по логике, должна была стать добавкой к тому, что выделялось ежегодно в 1906–1909 гг. на секретные расходы (разведку) ГУГШ (344 160 руб. в год). Однако денег у правительства не нашлось ни в 1909, ни в 1910 гг. Поэтому все планы по совершенствованию контрразведки пришлось отложить на неопределенный срок. М. И. Трусевич вскоре был смещен со своей должности, и фактическое руководство русской тайной полицией перешло в руки генерал-лейтенанта П. Г. Курлова – товарища министра внутренних дел и командира Отдельного корпуса жандармов.
28 марта 1909 г., как говорилось выше, состоялось заседание межведомственной комиссии, на котором было выработано «Положение о контрразведывательных отделениях» и «Правила для словесного наставления лиц, руководящих контрразведкой». Однако дальше дело не пошло, и на следующем заседании в марте 1910 г. комиссия признала, что: «Дело организации органов контрразведки, в том числе установление негласного надзора за путями тайной разведки иностранных государств против Российской империи, должным образом не налажено. Функции контрразведывательных органов в настоящее время используются разрозненно, отчасти чинами корпуса жандармов, отчасти ГУГШ, отчасти Морского Генерального штаба (МГШ), а также разведывательными отделениями штабов округов. В связи с этим, с целью усиления мер борьбы с военным и военно-морским шпионажем против Российской империи, введения единоначалия и повышения эффективности органов контрразведки, межведомственная комиссия предлагает соответствующим министерствам