На Дальневосточном театре во время войны с Японией правовое регулирование борьбы со шпионажем и сама организация русской военной контрразведки имели некоторые особенности. Еще в мирное время с учреждением на Дальнем Востоке из Приамурского генерал-губернаторства и Квантунской области Особого наместничества[32] при последнем был создан Временный военный штаб. Разведывательное отделение этого штаба в качестве одной из обязанностей должно было осуществлять борьбу со шпионажем. С началом военных действий в русской армии вступило в силу «Положение о полевом управлении войск в военное время», которым не было предусмотрено создание какого-либо специального органа по ведению контрразведки. Этот факт дал в свое время повод некоторым исследователям заявить, что русская контрразведка в войне 1904–1905 гг. себя почти никак не проявила. Думается, что это излишне негативная оценка, связанная с общими военными и политическими неудачами в ходе данной войны.
Условно всю борьбу с японской разведкой на театре военных действий (ТВД) можно подразделить на два основных направления: борьба со шпионажем в действующей армии и в ее тылу.
Борьба с подрывной деятельностью японской разведки в действующей армии приобретает наиболее четкие организационные формы с октября 1904 г., когда все сухопутные войска на дальневосточном театре были разделены на три отдельные маньчжурские армии.
Общее руководство контрразведкой в действующей армии стало осуществляться штабом главнокомандующего всеми сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке. По свидетельству архивных материалов[33], в данном штабе за борьбу с иностранным шпионажем на театре военных действий отвечало разведывательное отделение управления генерал-квартирмейстера. Этот орган не был чисто контрразведывательным. Его основной задачей являлось руководство и осуществление войсковой и агентурной разведки. В то же время разведывательное отделение управления генерал-квартирмейстера штаба главнокомандующего проводило значительную работу и по линии контрразведки. Оно занималось обобщением и анализом особенностей подрывной деятельности японских спецслужб и вырабатывало для штабов армий соответствующие циркулярные указания, рекомендации и инструкции по борьбе с противником.