Однако воздействие на православие со стороны патриарха и Короны до определенного момента было, в целом, эпизодическое. В этом отношении важнейшим фактором существования православия выступал институт патроната. Суть его состояла в том, что покровительство над православной церковью взамен отсутствовавшей в Польше и Литве централизованной власти взяли на себя крупные православные магнаты и городские церковные братства. Последние формировались из купцов и мещан для поддержания и устройства церкви. К братствам льнуло обычно и белое духовенство. В конце XVI в. некоторые из братств получили освящение высшей церковной власти от константинопольских патриархов [5, с. 170–171]. Это обстоятельство, с учетом специфики западнорусского православного епископата, приводило к нарастанию конфликта между иерархами и паствой [5, с. 171]. Таким образом, изначальная централизованная светская основа православия (во времена Киевской Руси) в западнорусских областях постепенно сменилась поддержкой и контролем со стороны населения на местах. Такая конъюнктура, по сути, видоизменила православие на территории Речи Посполитой в протестантизм, который также опирается на локальные социальные группы, в интересах которых и существует. В итоге, в Речи Посполитой периода Реформации XVI в. православие выступало как серьезная оппозиция католицизму.
Давление на православие в пределах Речи Посполитой усиливало также каноническое признание в 1589 г. патриархата Московского и всея Руси. Такое положение дел не могло устраивать Корону, опасавшуюся, что через расширение религиозного влияния Москвы на западнорусские территории дело может дойти и до ирредентизма. Очевидно, подобные взгляды усугубляло присутствие на территории Речи Посполитой с 1565 г. иезуитов [5, с. 170].
В конечном счете, как известно, противоречия между католицизмом и православием, как и политические опасения Короны, были сглажены принятием Брестской унии. 14 июня 1596 г. Сигизмунд III издал универсал о соединении церквей и проведении Собора, начало которого было назначено на 6 октября. Собор был проведен с нарушением прав православных мирян; тем не менее на третий его день от митрополита поступило окончательное заявление о принятии суверенитета Папы Римского [5, с. 172]. Формальные итоги Брестского Собора были закреплены универсалом короля от 15 октября 1596 г. Киевская митрополия была объявлена униатской, и православные приходы должны были перейти под ее юрисдикцию. Фактически это дало