При этом важно заметить, что исламская религиозность в Башкирии очень слаба, слабее, чем в любом другом традиционно исламском регионе России. Ильдар Малахов, ректор Исламского института им. Марьям Султановой (главного медресе ДУМ РБ), самокритично заявил автору этих строк в ходе интервью (ноябрь 1999 г.): «Мечети не полупусты, а пусты; среди мусульман нет интеллигенции; а в медресе идут учиться те, кто никуда больше поступить не могут».
Как среди башкир, так и среди татар заметным явлением стал переход в христианство, в основном в пятидесятничество и евангелизм, в значительно меньшей степени – в православие и католицизм, а также к новоапостольникам, мормонам, иеговистам. Исламские лидеры (в первую очередь из ДУМ РБ), а также из башкирских националистических организаций выражают по этому поводу свое возмущение, но ничего поделать не могут, тем более что власти серьезно не ограничивают проповедь протестантизма среди коренного мусульманского населения. В то же время лидеры башкирского национального движения культивируют специфические черты башкирской духовной культуры, любят подчеркивать особенности исламской религиозности кочевых народов, свою общность с казахами и ногайцами, но не с татарами. В среде национально ориентированной интеллигенции с ностальгией вспоминают о громком зикре, окончательно запрещенном в 1966 г. муфтием ДУМЕС Хиялетдиновым, а также об исчезнувшем ишанизме (разновидность суфизма).
Другая линия религиозных исканий башкирских националов связана интересом к доисламским языческим верованиям народа. В общем русле национального возрождения до середины «нулевых» годов рос интерес к национальному эпосу «Урал-Батыр», сохранившимся в народе языческим верованиям, например поклонение камням (в честь духа гор Тау Эйахы до сих пор строятся пирамиды из камней на вершинах); поклонение верховному богу Тенгри, которого часто отождествляют с Аллахом; поклонение царю неба Самралу; поклонение духу воды Хпу Иняхы и т.д. На этой почве в башкирских деревнях бывают конфликты между крестьянами-башкирами и имамами-татарами, стремящимися искоренить языческие верования.
На волне национального движения также возникают конфликты в связи с недовольством численным преимуществом татар в мусульманском духовенстве. В 1994–1995 гг. несколько представителей башкирской художественной интеллигенции заявили о переходе из ислама в тенгрианство. Среди них – писатель Ахмет Утебаев, художник Фарид Ергалиев и др. В июне в 1995 г. на Всемирном курултае