В республике при главах администраций районов созданы комиссии по государственно-межконфессиональным отношениям. Цель деятельности этих комиссий – оперативно разрешать возникающие конфликты и проблемы. Причем власти не скрывают, что главная проблема – ваххабизм. Для борьбы с ваххабизмом разработана целая система мер. На базе Уфимского пединститута созданы просветительские лекторские группы. Эти группы ездят по районам и пропагандируют традиционный ислам, разоблачают ваххабизм. Совет по государственно-межконфессиональным отношениям рекомендовал создавать молодежные подразделения на всех уровнях, так как имамы старого поколения часто не пользуются уважением.
Особое внимание властей вызывает Зауралье, по преимуществу населенное башкирами. Этот регион Башкортостана страдает от нищеты и безработицы. Именно в Зауралье ваххабиты чаще всего вербуют своих последователей. По инициативе властей оба официальных ДУМ создали свои представительства в зауральских районах, чтобы оперативно реагировать на ситуацию. В 2011 г. введена обязательная аттестация всех имамов. Эту аттестацию проводят совместно представители ДУМ и Совета по государственно-межконфессиональным отношениям. Основная цель этих аттестаций – предупреждение экстремизма. Имамы, прошедшие аттестацию, получают гранты из фонда Гришина.
Несмотря на все меры, в Башкортостане сохраняется малочисленное, но агрессивное ваххабитское террористическое подполье. В частности, вооруженные выступления имели место в городе Октябрьский в 2009 и 2010 гг. Тогда сепаратистские сайты сообщили об отряде «моджахедов Идель-Урала» численностью более 50 человек. Силовики же объявили о захвате боевой группы «Эмира Башкирского» – лидера местного террористического подполья. Им оказался Башир Плиев. По сообщениям Интерфакса, у спецслужб имелась информация, что глава октябрьского джамаата Башир Плиев ездил на Северный Кавказ, встречался там с Доку Умаровым, и тот назначил его «эмиром» Башкирии и Самарской области.
Власти Башкирии более энергично, чем при Рахимове, стали поддерживать идею объединения двух ДУМ республики. В начале 2011 г. в Уфе на территории парка Калинина началось возведение громадного на 3 тыс. человек исламского комплекса. Этот комплекс будет включать мечеть, исламский университет и офисы для исламских организаций. Власти объявили, что этот комплекс будет принадлежать и ДУМ РБ и ЦДУМР.
В 2010 г. начальник управления ФСБ по Башкирии публично заявил о необходимости объединения ДУМ РБ и ЦДУМР с целью более успешного противодействия терроризму. Однако ряд видных чиновников (в том числе Пятков) выступили против.